V čele Masarykovy univerzity by měl Bareš nahradit Mikuláše Beka, který instituci vedl dvě funkční období. Akademický senát dal Barešovi přednost před protikandidátem, kterým byl geolog Jaromír Leichmann z přírodovědecké fakulty. Bareš získal 36 ze 47 platných odevzdaných hlasů, Leichmann 11.

Bek, který se loni stal senátorem a po dvou funkčních obdobích v čele univerzity už na místo rektora nemohl kandidovat, měl v minulosti s prezidentem Milošem Zemanem rozpory. Bareš po svém zvolení řekl, že očekává, že Zeman bude rozhodnutí akademického senátu respektovat a skutečně ho rektorem jmenuje. Uvedl, že by té příležitosti chtěl využít k diskusi s prezidentem k vysvětlení role Masarykovy univerzity ve společnosti. Bek zvolení Bareše uvítal.

Nově zvolený rektor chce posilovat kvalitu školy ve vědě i vzdělávání a posunout ji v některých oblastech mezi 500 nejlepších univerzit světa. Vyslovil se pro vyšší míru sounáležitosti uvnitř univerzity a pro její větší internacionalizaci. Univerzitu zároveň vidí jako nezastupitelnou kritickou instanci ve společnosti, která musí komunikovat s veřejností i mimo akademickou půdu.

Padesátiletý rodák z Brna je od února 2018 děkanem Lékařské fakulty Masarykovy univerzity (LF MU). Do té doby byl od roku 2015 prorektorem pro akademické záležitosti univerzity a od roku 2012 statutárním zástupcem rektora. V letech 2012 až 2018 byl také zástupcem přednosty pro vědu a výzkum I. neurologické kliniky LF MU a Fakultní nemocnice u svaté Anny v Brně, od roku 2018 je místopředsedou Asociace děkanů lékařských fakult.