Návrh na jmenování Novotného profesorem pro obor analytická chemie předložila Univerzita Pardubice v únoru 2003 bývalé ministryni školství Petře Buzkové (ČSSD). Tehdejší vláda Vladimíra Špidly (ČSSD) a prezident Václav Klaus obdrželi i dalších 97 návrhů na nové profesory, kteří se jimi stali od 1. května 2003. Z vládních podkladů vyplývá, že k Novotnému se při jednání kabinetu v dubnu téhož roku objevila výhrada, že daňová správa prošetřuje jeho podnikatelské aktivity. Špidla jeho jmenování následně nepodepsal a kancelář prezidenta potvrdila, že byl ze seznamu nových profesorů vyřazen.

Vzhledem k tomu, že se u soudu neprokázalo, že by se Novotný dopustil trestného činu, rozhodl se ho letos v dubnu prezident Zeman profesorem jmenovat. Dopisem z 16. dubna požádal premiéra Babiše o kontrasignaci. Podle ministerstva školství, které nyní návrh opět předloží vládě, již jmenování Novotného nic nebrání. Úřad proto doporučil premiérovi rozhodnutí prezidenta spolupodepsat.

Novotný se v uplynulých letech snažil svého jmenování domoci u různých úřadů. V roce 2010 se o případ začal zajímat tehdejší rektor UP Miroslav Ludwig. Ministerstvo školství mu ale pouze sdělilo, aby se obrátil na Úřad vlády. Novotný o rok později oslovil prezidentskou kancelář, která mu doporučila obrátit se na ministerstvo. Předloni pak Novotný požádal bývalého ministra Stanislava Štecha (ČSSD) o vrácení na seznam kandidátů na profesuru. Poskytl přitom i podklady, z nichž plyne, že byl od konce roku 2007 nezákonně a nedůvodně stíhán pro podezření z krácení daně a podvodu. V červenci 2017 ho Městský soud v Praze zprostil obžaloby.

Na titul již několik let čekají také nejmenovaní profesoři Ivan Ošťádal a Jiří Fajt z Univerzity Karlovy a Jan Eichler z Vysoké školy ekonomické, které v roce 2015 kvůli jejich údajným prohřeškům z minulosti odmítl prezident Zeman. Na svém postoji trvá i po vynesení loňského verdiktu Městského soudu v Praze, podle kterého měl o návrzích rozhodnout znovu. Univerzita Karlova proto letos v únoru podala k pražskému městskému soudu dvě správní žaloby.