Obrysy smlouvy dohodl summit EU již v červnu 2007. O souladu lisabonské smlouvy o reformě EU s českým ústavním pořádkem rozhodl Ústavní soud poprvé v listopadu 2008 a sněmovna tento dokument schválila v únoru 2009, Senát o tři měsíce později. Prezident smlouvu nepodepsal s tím, že počká na výrok Ústavního soudu k avizované další stížnosti senátorů ODS.

V říjnu 2009 navíc prezident přišel s požadavkem na trvalou výjimku z Listiny základních práv EU, na niž smlouva odkazuje. Klaus se prý obával možnosti prolomení takzvaných Benešových dekretů. Jeho dodatečný požadavek vyvolal kontroverzní reakce na české i evropské scéně, summit EU však Klausovi vyhověl.