Známější je ale Novák jako ředitel Úřadu vlády. Do této funkce jej uvedl Mirek Topolánek, kterému jej měl jako svého někdejšího spolužáka dohodit Marek Dalík. V pozici šéfa Strakovy akademie vydržel i za jeho úřednického nástupce Jana Fischera, který si výkonného úředníka údajně velmi oblíbil.

Petr Nečas jej z vládního úřadu propustil a Novák se následně uchytil jako náměstek ředitele v Národním bezpečnostním úřadu. Po dvou letech funkci opustil, neboť si na něj vzpomněl bývalý šéf Jan Fischer, který jej angažoval jako šéfa své kampaně před prezidentskými volbami.

Fischer, původně považovaný za favorita volby, ale nakonec ani nepostoupil do druhého kola a před ním podpořil Miloše Zemana. Podle MF Dnes se lidé z Fischerovy kampaně shodují, že to byl právě on, kdo Fischera přiměl k takovému kroku. Novák měl následně usednout do vedení Českého aeroholidnigu. Nakonec ale tento přesun odmítl sám jeho bývalý šéf Fischer, nyní v pozici ministra financí. Křeslo místo něj získal Gustav Slamečka, někdejší Fischerův ministr dopravy a Novákův dlouholetý životní partner.

Lidé z prezidentské kanceláře nechtějí o Novákově angažmá moc mluvit. Muž médii spojovaný s Markem Dalíkem a podepsaný pod pochybnou smlouvou s firmou ProMoPro vzbuzuje pochybnosti. Podle informací MF Dnes by ale měl usednout do čela bezpečnostního odboru, kde za Václava Havla svou kariéru jako stážista začínal, a za Václava Klause jej před svým odchodem do Strakovy akademie již jednou řídil.