Jan Prokop sloužil jako mechanik, resp. letecký zbrojíř v československé armádě. Po německé okupaci Československa utekl přes Polsko do Francie, kde byl přijat do cizinecké legie, ale 11. září 1939 byl přemístěn do Francouzského letectva. Po kapitulaci Francie sloužil v Anglii u 312. perutě RAF. V červnu 1944 se účastnil invaze do Francie a bojů v Belgii.

V srpnu 1945 se vrátil do Prahy. Na podzim roku 1948 byl zatčen pro přípravu útěku za hranice a odsouzen na 7 let vězení. V dubnu roku 1950 byl režimem zinscenován monstr proces na Borech, v němž byl odsouzen k trestu smrti – později byl rozsudek změněn na 20 let vězení. Poté byl 17 let vězněn.

Částečně rehabilitován byl v roce 1968 a pak v roce 1990. V roce 1996 byl povýšen na generálmajora ve výslužbě. Byl mu udělen titul Čestného občana města Plzně.

Jan Prokop zemřel v Plzni 18. září 2004.