Dnes je však tento druh na pokraji vyhynutí z důvodu degradace jeho původních stanovišť a výskytu invazních druhů, především karase stříbřitého. Karas obecný se na území ČR vyskytuje ve dvou odlišných fylogenetických liniích, které jsou od sebe značně vzdálené. V minulosti došlo k jejich promíchání, čímž dochází ke ztrátě vnitrodruhové diverzity a homogenizaci zbývajících populací karase obecného. 

„Z důvodu zajištění vhodných lokalit pro tento druh bylo v Kraji Vysočina v loňském roce vytipováno celkem dvacet lokalit  určených pro další průzkum. Na deseti z nich byl potvrzen výskyt karase obecného, což je velmi příznivé zjištění, šest z nich navíc není „kontaminováno“ karasem stříbřitým. Na těchto "čistých" lokalitách bude karas obecný dále podroben genetickým analýzám z důvodu zjištění příslušnosti k fylogenetické linii, u  „kontaminovaných“ lokalit bude třeba zajistit potlačení karase stříbřitého. U některých lokalit bude snaha o redukci i dalších invazních či nevhodných druhů, jako je sumeček americký, pstruh duhový a další. Úprava podmínek pro karase obecného může pomoci i dalším mizejícím druhům, jako je např. slunka obecná.

„Kromě průzkumů nově vytipovaných lokalit se pracovníci krajského úřadu aktivně zapojili do potlačování nepůvodního karase stříbřitého na lesních rybníčcích Moravskobudějovicka a na přenosu karase obecného do vhodných tůní. V přírodní památce Olšoveček u Velké Bíteše se uskutečnil výlov lesního rybníka za účelem ověření stavu karase obecného a zajištění podmínek pro jeho další výskyt,“ dodává Pavel Hájek, radní Kraje Vysočina pro oblast lesního a vodního hospodářství, životní prostředí a zemědělství.

Krajský úřad   navázal na svou činnost v roce 2021, kdy byla prováděna genetická analýza vzorků odlovených karasů z nově objevených lokalit v povodí Jevišovky. U potvrzených jedinců karase obecného  pak bylo geneticky určováno, zda se jedná o tzv. dunajskou nebo labskou fylogenetickou linii.