V pátek 6. června 2014 rezignoval předseda Pirátů Ivan Bartoš a čtyři místopředsedové a místopředsedkyně. Ivan Bartoš, 1. místopředsedkyně Lenka Wagnerová a 2. místopředseda Michal Havránek rezignovali s okamžitou platností. 3. místopředsedkyně Jana Michailidu a 4. místopředseda Tomáš Vymazal podali rezignaci k datu konání zasedání nejvyššího orgánu strany, celostátního fóra. V těchto dnech současně probíhají volby pěti vedoucích odborů, kteří ve straně zodpovídají za technické, administrativní, finanční, mediální a jiné záležitosti. Jejich mandáty skončily z různých důvodů v posledním měsíci. Strana se tak ocitla prakticky bez vedení.

Pirátská strana však bude až do konání svého nejvyššího orgánu Celostátního fóra (CF) v průběhu letních prázdnin plně fungovat dál. Iniciativu nyní přebírají místní a krajská sdružení. Ta se kromě běžného pořádání hudebních a kulturních festivalů a besední a osvětové činnosti nyní i připravují na komunální i senátní volby, kde Piráti postaví vlastní i koaliční kandidáty.

Statutárním zástupcem se pro období do zasedání CF stala Jana Michailidu, studentka biotechnologie léčiv a členka předsednictva evropských Mladých Pirátů. Michailidu k situaci kolem rezignací uvedla: „Po opakujících se výtkách na nefunkčnost předsednictva a nedostatečnou komunikaci mezi členy tohoto orgánu jsem navrhla předsedovi ve středu večer kolektivní rezignaci předsednictva a volbu nového vedení. Tři členové předsednictva pak podali své rezignace jednotlivě v pátek dopoledne. Je mi upřímně líto, že jsme společně alespoň neuznali chyby a neodešli tak jako celek.“

Ivan Bartoš k situaci uvedl: „Strana potřebuje v tuto chvíli sjednotit, začít pracovat a hovořit jasnou a jednou řečí.“

Vojtěch Pikal, garant bodu politické strany, k tomu dodává: „Změna je zdravá, strana nesmí stát na několika jednotlivcích. ale na společných ideálech a programu.“

Co se týče zasedání CF, bylo zahájeno výběrové řízení na místo jeho konání a diskutuje se o nejvhodnějším termínu. Nepřítomní členové jej nicméně budou moci, stejně jako v minulých letech, sledovat vzdáleně online a hlasovat o novém předsednictvu elektronicky. Na programu zasedání celostátního fóra nebudou jen volby, ale i změny stanov či ideové debaty.

Ve Evropských volbách Piráti získali 4,78 %, což je nejen jejich nejlepší výsledek ve volbách po celou dobu existence strany, ale i nejlepší výsledek z Pirátských stran v Evropě. Hlasy by stačily na mandát, ale kvůli uzavírací klauzuli jej strana nezískala. V této věci podali Piráti stížnost Nejvyššímu správnímu soudu a v případě neúspěchu se obrátí i k Ústavnímu soudu.