Když stranická pravice, a to především zásluhou modrého Senátu, umožnila ústav nejen formálně, ale i finančně obsadit, pustila se tak do vlastní afektované interpretace minulosti. Nečekaný Žáčkův odchod z funkce ředitele však vyvolal mezi mocnými hysterii. Náhle vyvstal problém, co bude s Žáčkovými věrnými, jak se bude nadále veřejnosti rozkrývat minulost a zda se ústav nestane jen nudným odborným pracovištěm.
ÚSTR byl sice zřízen jako vědecká instituce, jenže veškeré dění v posledních dnech okolo něj jen dokazuje, že šlo o naprostou iluzi. ÚSTR byl již od počátku především »kladivem na čarodějnice«, který zřídili a ovládali politici, a tito rozhodně na tom v budoucnosti nic nechtějí měnit. Oč méně se v ÚSTR skutečně bádá, o to více v něm vrcholí boj o moc, což potvrzuje, že jde o instituci spíše politickou než odbornou. O historii zde jde až na posledním místě.
Svědčí o tom i fakt, že u takto zřízené vědecké instituce je nedostatečné, pokud jen deset procent zaměstnanců má magisterské nebo vyšší vzdělání. Většina zaměstnanců jako výzkumných pracovníků a autorů různých vzdělávacích programů neprošla dlouhodobou vědeckou průpravou a nemá dostatečné znalosti a zkušenosti v oblasti vědecké práce, teoretických a někdy i obecně historických znalostí. Vývoj posledních událostí kolem ÚSTR jen potvrzuje dojem, že jde o instituci naprosto nestandardní a ve srovnání s historickými katedrami a akademickými ústavy zbytečnou.
O novou tvář ÚSTR se sice pokusil nově jmenovaný ředitel Jiří Pernes, ale se svým projektem, kdy chtěl z ústavu udělat odpolitizovanou, primárně odbornou vědeckou instituci, silně narazil. Navíc ředitel Pernes v den nástupu do funkce odvolal celé vedení ÚSTR. Proti tomu ostře vystoupil místopředseda Senátu Jiří Liška a obvinil ho z ohrožování samotné existence ústavu. To nakonec za vydatného přispění aktivistů vedlo k odvolání Pernese z jeho funkce. Prozatímním šéfem byl jmenován Zdeněk Hazdra.
Peripetie kolem ÚSTR přesto neberou konce. I po změně ředitele panuje napjatá atmosféra. Nově jmenovaný ředitel odvolal šéfa Archivu bezpečnostních složek Ladislava Bukovszkého, a to i přesto, že ho Rada ÚSTR vyzvala, aby případné Bukovszkého odvolání nechal až na nového ředitele ústavu. Podle Hazdry Bukovszký nezvládl roli manažera a garanta práce archivu, nechal zveřejnit materiály vojenské kontrarozvědky, nezajistil fungování digitálního archivu, a v neposlední řadě nezabránil dlouhodobému poškozování archiválií vedených v archivu.
Z výše uvedeného je tedy více než zřejmé, že řešením celé situace v ÚSTR není odvolání ředitele, ale zrušení celého ústavu, jenž je státním úřadem, a převedení jeho historiografické činnosti do Ústavu pro soudobé dějiny Akademie věd ČR.
