Kontroly probíhají formou kontrolních nákupů. Mezi nejčastějším případem porušení je nevydání účtenky a nezaevidování tržby, nebo nejsou na účtence uvedeny veškeré povinné údaje. Naopak pochybení o nevyvěšení informačního oznámení o evidování tržeb a používaném režimu, které bylo často zjišťováno po náběhu evidence tržeb, se v současné době již téměř nevyskytuje.

Za neplnění povinností spojených s elektronickou evidencí tržeb podnikatelům hrozí ve správním řízení pokuta až 500 000 korun.

V loňském roce provedli liberečtí celníci 320 kontrol, při kterých zjistili v 63 případech porušení zákona o evidenci tržeb. Na místě rozdali v příkazním řízení pokuty ve výši 150 100 korun a ve správním řízení pak udělili pokuty ve výši 392 500 korun.