Ekologické organizace Greenpeace a Hnutí DUHA proto podají na rozhodnutí úřadu správní žalobu k soudu.  Podobnou žalobu už podaly na udělení výjimky pro elektrárnu Počerady, kterou také provozuje firma Seven Energy podnikatele Pavla Tykače.

Ministerstvo parametry výjimky pro Chvaletice schválené Krajským úřadem Olomouckého kraje ve svém rozhodnutí změnilo a nařídilo, aby provozovatel v letech 2022 a 2023 vyhodnotil, jestli se díky již nainstalovaným filtračním technologiím daří snižovat emise a pak případně navrhl i zkrácení výjimky a dřívější plnění limitů. Tento postup ale podle ekologických organizací může paradoxně vést k tomu, že se znečišťovatel nebude snažit emise snižovat a bude jich vypouštět více, než by mohl, aby se vyhnul riziku zpřísnění limitů a zvýšení provozních nákladů.

Ekologickým organizacím také vadí, že provozovatel ve své žádosti o výjimku docílil podle jejich názoru jen zdánlivého snížení vypouštěných škodlivin snížením očekávané doby provozu elektrárny. Omezení provozu však není závazné, a není tak žádný nástroj, kterým by mohly úřady snížení délky provozu vyžadovat. Ministerstvo nyní jen přidalo provozovateli povinnost reportovat, jak dlouho byly které bloky elektrárny v provozu.

Lukáš Hrábek, tiskový mluvčí Greenpeace, říká: “Výjimka pro Chvaletice je ještě horší než výjimka pro Počerady. U ní ministerstvo alespoň zkrátilo dobu platnosti výjimky u některých bloků elektrárny, nyní ovšem nechává vše na provozovateli a žádné závazné podmínky na omezení provozu či délky výjimky mu neklade. Nemělo by se stávat, že rozhodnutí ministerstva životního prostředí ve svém důsledku povede ke zhoršení životního prostředí, ale tohle je přesně ten případ. Proto se obrátíme na soud, který by měl tuto absurditu napravit a výjimku úplně zrušit.”

Laura Otýpková, právnička Frank Bold, říká: Nejdřív krajský úřad a nyní i ministerstvo se nechali opít rohlíkem. Provozovatel totiž v žádosti o výjimku, kterou už dvakrát nedostal, dosáhl napotřetí udělení tím, že snížil odhad budoucí výroby, a tedy i absolutních emisí rtuti a oxidů dusíku. Zároveň se ale odmítl zavázat, že snížený výrobní plán bude dodržovat. Úřady tak provozovateli poměrně naivně posvětily výjimku, která může být ve skutečností mnohem rozsáhlejší, než provozovatel sliboval."

Jiří Koželouh, vedoucí programu Klima, energetika a odpady Hnutí DUHA. říká: “Ministerstvo životního prostředí Richarda Brabce nezvládlo přechod na nové limity pro ochranu zdraví a životního prostředí. Nehorázným povolením pro Chvaletice, které už 3 měsíce nové limity porušují, to nyní jen korunovalo. Doufám, že nová ministryně Anna Hubáčková bude mít kvalitu ovzduší a zdraví lidí jako prioritu.”