Finanční prostředky z programu Nová zelená úsporám dosud plynuly do velmi úzkého segmentu rekonstrukcí bytových domů v Praze a program tak doplňoval Integrovaný regionální operační program (v gesci MMR), který dotačně podporoval bytové domy ve zbytku ČR s výjimkou Prahy.

Program v oblasti pražských bytových domů doposud podpořil 789 žádostí s požadavkem na dotaci ve výši 689 mil. Kč. Je tedy zřejmé, že majitele bytových domů motivuje k úsporným rekonstrukcím a stavbám a zvyšuje zájem o obnovitelné zdroje energie. Vedle jeho environmentálních přínosů, které potvrzuje ve svém nálezu i NKÚ, program přináší i přínosy ekonomické, především zvyšuje konkurenceschopnost malých a středních podniků a počet pracovních příležitostí.

NKÚ programu NZÚ vytýká nenaplněné predikované úspory energie. Program spuštěný v roce 2015 byl ambicióznější, neboť predikce jak zájmu, tak i úspor energie, byly učiněny na základě počtu podaných žádostí do programu Zelená úsporám v letech 2009 až 2012, kdy bytové domy zaujímaly 23 % vyplacené podpory. Je ovšem až nyní známo, že do doby spuštění nástupnického programu NZÚ v roce 2015 řada pražských bytových domů renovace zrealizovala bez dotace, např. s pomocí komerčních úvěrů, i proto se původní predikce programu NZÚ nemohly naplnit. Na predikované cíle měl pak vliv i opožděný start programu NZÚ, jenž byl způsoben zpožděním IROP, který se rozbíhal později, než se očekávalo. Kvůli nastavení obdobných podmínek u obou programů tak nebylo reálné spustit program NZÚ dříve. Podobné to bylo s mírou podpory. Podpora v programu NZÚ byla na přání MMR zpočátku obdobná jako v programu IROP, vzhledem k tomu, že MMR je gestorem bytové politiky v ČR. Postupně se MŽP však podařilo míru podpory výrazně navýšit.

Samo NKÚ pak tvrdí, že prostředky byly v NZÚ poskytovány účelně, efektivita jedné vynaložené koruny na přínos v energetické úspoře ve výši 1 271 Kč/GJ je jak ve srovnání s IROP, tak i dalšími programy, skvělým výsledkem.

MŽP se pak ohrazuje proti výtce NKÚ, že "jako správce programu NZÚ nenastavilo k ověření nakládání s veřejnými prostředky u příjemců žádnou kontrolu výběru dodavatelů, ačkoli zavázalo příjemce v dokumentaci programu NZÚ k dodržování základních principů při zadávání zakázek dle zákona." Zákon nic takového ovšem nevyžaduje a postup MŽP i SFŽP byl tak zcela v souladu s požadavky české legislativy.

Je třeba si uvědomit, že příjemci podpory v podprogramu bytové domy jsou nejčastěji Společenství vlastníků jednotek (SVJ), případně bytová družstva a velikost projektů byla v drtivé většině pod limitem stanoveným v zákoně pro zadávání veřejných zakázek. V naprosté většině případů se tak nejednalo o zakázky ve smyslu tohoto zákona. V kontextu náročnosti schvalovacích procesů kolektivních orgánů SVJ a bytových družstev, nastavených jednotkových dotací, ex post financování, dospěly MŽP a SFŽP ČR na základě analýzy rizik k závěru, že tato kontrola by příliš a zbytečně zatížila žadatele a dále zmenšovala absorpční kapacitu, což by přineslo jen snížení efektu tohoto programu.