Kontrolovány byly peněžní prostředky v objemu přesahujícím 190 milionů korun, veřejné zakázky v hodnotě téměř 126 milionů korun a pohledávky na systémové úrovni ve výši 24 miliard korun. NKÚ na uvedeném vzorku nezjistil, že by pojišťovna vynakládala peněžní prostředky nehospodárně nebo neúčelně. Kontroloři ale odhalili dílčí nedostatky v jednotlivých fondech.

V rámci základního fondu pojišťovna hradí zdravotní služby, léčivé přípravky, zdravotnické prostředky a podobně. Finančně se jedná o nejvýznamnější fond pojišťovny. V roce 2022 z něj pojišťovna čerpala více než 53 miliard korun. NKÚ v rámci kontroly například zjistil, že ZPMV vedla za zaniklými plátci pohledávky, které ke konci roku 2022 dosahovaly hodnoty 2,7 milionu korun. Dále také pojišťovna u jiných plátců nevyměřila dlužné pojistné a penále v celkové výši 5,1 milionu korun.

Z provozního fondu, který slouží k financování provozu pojišťovny, čerpala ZPMV v roce 2022 více než 1,2 miliardy korun. Odhalené nedostatky u tohoto fondu se týkaly například zadávání veřejných zakázek. NKÚ při kontrole vzorku 13 veřejných zakázek zjistil, že pojišťovna ve čtyřech případech nepostupovala správně při zadávání veřejných zakázek v celkové hodnotě 10,4 milionu korun, když je soutěžila v nesprávném režimu. Tím ZPMV porušila zásadu transparentnosti, rovného zacházení a zákazu diskriminace.

Fond prevence slouží například k úhradě preventivních zdravotních služeb nad rámec zdravotních služeb hrazených ze základního fondu. Kontroloři zjistili, že ZPMV postupovala netransparentně, když umožnila čerpat příspěvky z fondu prevence členům spolku, který nesplňoval podmínky pro zařazení do programu. V kontrolovaném období se jednalo o přibližně 2,5 milionu korun.