MO hospodařilo s majetkem a penězi státu v rámci plnění úkolů VHÚ ve většině případů bez zásadních nedostatků. V případě rekonstrukce Armádního muzea Žižkov NKÚ ale identifikoval vícepráce nejméně za 28 milionů korun, kterým bylo možné předejít. Kromě toho zjistil i nedostatky v plánování činnosti MO nebo ve vyhodnocování stanovených cílů.

Jednou z investičních akcí byla rekonstrukce Armádního muzea Žižkov, která podle smlouvy z roku 2018 měla vyjít na téměř 724 milionů korun. Kontroloři zjistili, že rekonstrukci provází množství víceprací, které v době kontroly dosahovaly 192 milionů korun. To představuje zhruba čtvrtinové navýšení původní ceny. Část těchto víceprací vychází z objektivních a nepředvídatelných důvodů, které nebylo možné předpokládat v době přípravy projektu. Dodatečné práce v hodnotě nejméně 28 milionů korun ale naopak plynou z chyb v projektové dokumentaci, kterým mohlo MO předejít. Jde hlavně o nedostatečné nebo nepřesné vymezení druhu a množství stavebních prací. V době kontroly nebyla rekonstrukce ukončena, a tak existuje riziko, že dojde k dalšímu navýšení konečné ceny.

Termín pro dokončení rekonstrukce Armádního muzea Žižkov se posunul z listopadu roku 2020 na září roku 2021 i kvůli chybám vzniklým v projektové fázi.

Další prověřovanou investiční akcí byla výstavba čtyř multifunkčních hal ve Vojenském technickém muzeu Lešany. Přestože MO mělo k dispozici studii, která stanovila přepokládanou cenu 280 milion korun bez DPH, při registraci akce stanovilo náklady na 163 milionů korun bez DPH. Akci v roce 2020 ukončilo kvůli nedostatků financí a následně zařadilo do plánu s financováním od roku 2022.

NKÚ dále zjistil, že se MO nedaří v souvislosti s plněním úkolů VHÚ plnit stanovené cíle. Plány resort každý rok zásadně měnil a investiční akce neplní ve stanovených termínech. Kromě toho MO u některých cílů také nestanovilo vhodná kritéria pro jejich vyhodnocení. To pak v některých případech probíhalo pouze formálně či věcně nesprávně.

Celkové výdaje VHÚ byly v letech 2016 až 2020 přibližně 1,3 miliardy korun. Z toho běžné výdaje tvořily 698 milionů korun, investice pak 620 milionů korun.