Kontrola se zaměřila na projekty za téměř 557 milionů korun, které cílily například na ochranu hranic EU, podporu azylového systému nebo začleňování cizinců do společnosti. Konkrétní přínosy podpory pro migrační politiku nejsou jasné. MV totiž stanovilo cíle jen obecně a bez ukazatelů, kterými by šlo doložit, co se zlepšilo. Kontrola navíc u prověřovaných projektů zjistila řadu nedostatků, přičemž většinu z nich mělo odhalit MV už při hodnocení projektů a jejich výběru k podpoře.

MV nastavilo v koncepčních dokumentech k migrační politice většinou cíle, které jsou jen obecné. Neurčilo ani ukazatele a jejich očekávané hodnoty, podle kterých by šlo ověřit, co se podařilo zlepšit a zda program plní své cíle. Některé oblasti tak nebude mít ministerstvo jak vyhodnotit. Například u integrace cizinců si nastavilo nekonkrétní cíle jako „podpořit nekonfliktní soužití s cizinci“ nebo „zajistit bezpečnost všech obyvatel ČR“. U vnější migrace směřující do EU má například cíl „boj proti nelegální migraci“.

Peníze na projekty získaly jak státní instituce, tak i neziskové organizace. U kontrolovaných projektů MV nepožadovalo, aby příjemci hodnotili jejich výsledky a přínosy. Příjemci dotací tak většinou sledovali jen výstupy, například počet osob, kterým byla poskytnuta pomoc. Nezajímali se ale o to, zda a jak přispěly služby poskytnuté v rámci projektu například k integraci cizinců do společnosti. Ukázkou dobré praxe je naopak postup neziskové organizace, která zpětně ověřovala přínos svých služeb pro klienty, i když to po ní MV nepožadovalo.

U několika kontrolovaných projektů zaměřených na vnitřní bezpečnost zjistili kontroloři výrazné nedostatky. Například u společného komunikačního centra pro policii a celní správu za 120 milionů korun se bez jasného odůvodnění opakovaně měnily náklady na jednotlivé položky. Příjemce navíc zpracoval projektovou dokumentaci, návrh interiéru či technickou specifikaci hardwaru a softwaru až po schválení projektu. To ukazuje na nedostatečnou přípravu projektu a riziko nehospodárného vynakládání peněz státu. Podobný problém odhalili kontroloři i v případě rekonstrukce objektu v Havířově, který slouží pro ubytování žadatelů o mezinárodní ochranu. Tady příjemce – Správa uprchlických zařízení – podcenil přípravu projektu. Cena rekonstrukce tak dosáhla v době kontroly 57 milionů korun, což představuje více než dvojnásobek původního rozpočtu.

MV také nesledovalo u podpořených aktivit k integraci cizinců průměrnou výši nákladů na jednoho klienta. Například výuka českého jazyka vyšla na 2 600 i na 6 700 korun. I když jsou nároky jednotlivých klientů různé, mělo by mít MV přehled o průměrných nákladech a být schopno porovnat projekty mezi sebou. Navíc příjemci nemuseli sledovat skutečné náklady na jednotlivé aktivity v rámci projektů. MV od nich chtělo jen plánované náklady, které uváděli v žádosti o dotaci. Ministerstvo tak nemá podle čeho hodnotit efektivnost podpořených projektů. Tento nedostatek se týkal 14 z 20 kontrolovaných projektů.

Nedostatky zjistili kontroloři také u Státního integračního programu, který pro MV zajišťuje Správa uprchlických zařízení. I tady byly cíle jen obecné bez měřitelných ukazatelů. MV ani Správa také neřešily, jak projekty pomohly k úspěšné integraci klientů. Správa vždy dodržela finanční limity tzv. integračních plánů a až na jednu výjimku hradila nákupy věcí v souladu s přehledem vydaným MV. Bez ověření potřeb klientů na místě ale nemůže vědět, zda platí jen skutečně nutné vybavení domácností.

U programu na pomoc uprchlíkům v regionech jejich původu kontrola poukázala na problém s nejasnými pravidly pro nakládání s penězi. Ve smlouvách s danými zeměmi totiž MV neurčuje parametry projektu, například to, co přesně se má za poskytované peníze pořídit. Lišily se typy smluv a jednotné nebyly ani podmínky pro použití peněz, které by MV umožňovaly lépe ovlivnit úspěšný průběh projektů. Navíc MV předkládalo vládě neúplné informace o projektech, které ještě nebyly dokončeny. Chyběly konkrétní údaje o těchto projektech a také informace o problémech s jejich dokončením. MV od roku 2015 neprovedlo žádné vyhodnocení dopadů těchto projektů.