JMP představuje soubor pravidel a postupů pro poskytovatele podpory z Evropské unie, které mají přispět ke zlepšení v nakládání s evropskými penězi, zvýšit transparentnost a snížit administrativní zátěž spojenou se získáním podpory. Nástrojem pro aplikaci těchto pravidel je informační monitorovací systém MS2014+, který umožňuje například podávat žádosti o podporu elektronicky. Do srpna 2016 MMR vydalo na JMP 880 milionů korun, přičemž 872 milionů korun z těchto peněz zaplatilo za MS2014+.

Na konci roku 2016 Česká republika vyčerpala jen 3,6 procenta z celkových více než 600 miliard korun ze zdrojů Evropské unie, na které můžeme v období 2014–2020 dosáhnout. Problémovým faktorem, který NKÚ v této kontrole zjistil a který se negativně podepisuje na čerpání, je také dlouhý proces hodnocení a schvalování projektů. Ke konci roku 2016 trvalo schválení projektu v průměru 198 dní, přestože poskytovatel dotace měl rozhodnout „bez zbytečného odkladu“.

Přitom právě vytvoření JMP mělo být jedním z kroků, které měly zlepšit podmínky pro čerpání evropských peněz. Pravidla upravující postup při rozdělování evropských dotací, která jsou zpracována na přibližně dvou a půl tisíci stranách, ale nejsou jednotná. Jednotnost celého konceptu snižuje například to, že Ministerstvo zemědělství si na vládní úrovni vymohlo výjimku pro Program rozvoje venkova a řídí se podle vlastních postupů. Dalším problémem je, že závazná pravidla nejsou vymahatelná a není stanoveno, kdo by měl na jejich dodržování dohlížet.

Kontrola odhalila nedostatky i u monitorovacího systému MS2014+. Ten se ukázal jako komplikovaný, a to například kvůli množství specifických a individuálních požadavků ze strany poskytovatelů podpory. Kvůli své komplikovanosti má systém navíc i problémy se stabilitou – například od června 2015 do dubna 2016 vypadával v průměru jedenapůlkrát denně. V září 2015 kvůli chybě v systému zase došlo k odložení příjmu žádostí o podporu z OPPIK o dva měsíce. Kontroloři se také setkali s častými chybovými hláškami, pomalými odezvami či zamrzáním systému. Vzhledem k tomu, že čerpání finančních prostředků v novém programovém období zaostává, nároky na stabilitu systému ještě porostou s tím, jak se bude zvyšovat objem dat. Z hlediska kvality informací pak monitorovací systém neposkytoval vždy srovnatelné a spolehlivé údaje.

Problematické je i financování tohoto systému. Na jeho vybudování měla přispět z 85 procent Evropská unie. Z různých důvodů – například kvůli neuznání některých výdajů k proplacení či problémům se zadáváním veřejných zakázek – se snížilo financování z evropských zdrojů až na 57 procent. Konečná výše spolufinancování z Evropské unie se ale může ještě změnit. Záležet bude také na tom, jak ÚOHS a Policie ČR posoudí některé související veřejné zakázky, které prověřují.