Ministerstvo v březnu roku 2015 používalo 112 různých informačních systémů za zhruba 345 milionů korun. Kontroloři se zaměřili na informační systémy za více než 127 milionů korun. Zjistili, že jeden z těchto IT systémů nikdo nevyužívá, další ministerstvo vůbec nespustilo. Zadávání některých veřejných zakázek na IT systémy a s nimi spojené služby resort navíc vůbec neřídil, což vedlo k tomu, že obdobné služby ministerstvo nakupovalo za podstatně rozdílné ceny.

Ministerstvo zaplatilo sedm milionů korun za dva informační systémy, které nikdo nevyužívá. Jde o informační systém NECHELA, s jehož pomocí se má obchodovat s nespotřebovanými chemikáliemi na komoditní burze. Obchodování pomocí tohoto systému mělo vedle efektivnějšího a výhodnějšího nakládání s těmito látkami také omezit zakládání nelegálních skladů nepotřebných chemikálií. Od jeho vzniku v roce 2010 se v něm ale zobchodovaly chemikálie jen za 13 tisíc korun, přičemž samotný systém vyšel na 5,3 milionu korun. Od roku 2012 se s pomocí tohoto systému neuzavřel žádný obchod. Ministerstvo přitom ještě před jeho vytvořením vědělo, že o systém není zájem, a to hlavně kvůli přísným pravidlům a také některým chybějícím předpisům.

Informační systém NEO měl zase umožnit obchodování na burze s vedlejšími produkty a výrobky z odpadů a tak přispět k efektivnějšímu nakládání s odpady. Za tento systém zaplatilo ministerstvo v roce 2010 téměř 1,9 milionu korun, i když vědělo, že pro jeho ostré spuštění nebyly ani připraveny, natož schváleny potřebné zákony. Kvůli tomu ministerstvo neuvedlo systém do provozu ani do konce kontroly NKÚ.

Kontroloři se zaměřili také na to, jak resort zadával veřejné zakázky týkající se IT systémů. Zjistili, že administraci některých veřejných zakázek si zajišťovaly u externích firem jednotlivé odbory ministerstva, aniž by o tom resort jakkoliv centrálně rozhodoval. Ceny za stejné služby se tak v některých případech lišily i více než dvojnásobně. Ministerstvo tak například zaplatilo za organizaci otevřeného zadávacího řízení v roce 2013 jedné společnosti 35 tisíc korun, jiné firmě za obdobnou službu vyplatilo 90 tisíc korun. U právních služeb se rozdíly za hodinu práce pohybovaly od jednoho do tří tisíc korun. Ministerstvo navíc využívalo tyto služby i v případě nejjednodušších zakázek, například zakázek zadaných přes e-tržiště. Podle NKÚ měli alespoň jednodušší zadávací řízení administrovat zaměstnanci ministerstva, kteří mají tuto činnost v pracovní náplni. Resort měl zároveň koordinovat nákup externích služeb tak, aby ceny hrazené za stejné služby byly srovnatelné a odpovídaly odvedené práci.