Dalším ministerstvem, u kterého se Nejvyšší kontrolní úřad zaměřil na vedení účetnictví a vykazování údajů v rámci účetní závěrky, finančních výkazů a závěrečného účtu, bylo Ministerstvo životního prostředí. Při kontrole byly zjištěny významné nesprávnosti, které byly vyčísleny v celkové výši 7,1 miliardy korun.

Ministerstvo nevedlo správné a úplné účetnictví. Devadesát procent celkové nesprávnosti představuje nesprávnost ve výši téměř šest a půl miliardy, která byla zjištěna v přehledu o peněžních tocích. Ministerstvo dále například nesprávně účtovalo o transferech poskytovaných ze státního rozpočtu, nesprávně vykázalo dlouhodobý majetek a pohledávky. K některým pohledávkám po splatnosti netvořilo opravné položky, nesprávně účtovalo o opravách minulých účetních období a o přecenění reálnou hodnotou majetku, který nebyl určen k prodeji. Na podrozvahových účtech vykázalo některé skutečnosti, které nebyly předmětem účetnictví. Dále v účetní závěrce neuvedlo informace k účetním metodám používaným v roce 2013 ani doplňující informace k položkám jednotlivých výkazů. Rovněž inventarizaci neprovedlo Ministerstvo životního prostředí v roce 2013 v souladu se zákonem o účetnictví.

V oblasti finančních výkazů nebyly zjištěny významné nesprávnosti. Závěrečný účet kapitoly neobsahoval některé informace vztahující se k hospodaření kapitoly, například hodnocení hospodárnosti, efektivnosti a účelnosti vynakládání výdajů.

Kontroloři dále zjistili, že Ministerstvo životního prostředí porušilo rozpočtovou kázeň, když na konci roku 2013 vedlo téměř 32 milionů korun na bankovních účtech mimo Českou národní banku. V této souvislosti NKÚ podal oznámení o porušení rozpočtové kázně příslušnému finančnímu úřadu. Porušení rozpočtových pravidel kontroloři konstatovali v případě použití prostředků, které byly ponechány České republice ze zdrojů poskytnutých před vstupem do EU, a dále u prostředků na twinningové projekty, kde má MŽP roli administrátora, který administruje projekty v rámci předvstupní pomoci z EU.

NKÚ také upozorňuje na nedostatečnou úpravu vykazování emisních povolenek jako specifického druhu nehmotného majetku. V tomto případě se jednalo o miliardové částky.

V důsledku nejednoznačnosti předpisů pro některé oblasti účetnictví ani v tomto případě nebylo možné vyjádřit stanovisko k účetní závěrce MŽP.