Hospodaření prověřili na majetku v hodnotě 530 milionů korun. Kontrola odhalila účetní nedostatky, jejichž příčinou bylo i to, že v ústavu nebyl zaveden účinný vnitřní kontrolní systém. Zároveň je nutné, aby se Ministerstvo zdravotnictví (MZd) co nejdříve zabývalo financováním ústavu, a to zejména po roce 2020, kdy ústav přijde o podstatnou část svých příjmů.

Národní ústav duševního zdraví vznikl v roce 2015 transformací z Psychiatrického centra Praha. Od stejného roku sídlí v nově postaveném areálu v Klecanech. Ústav vznikl hlavně s pomocí evropských dotací z operačního programu Výzkum a vývoj pro inovace. Vybudování centra v Klecanech stálo přibližně 700 milionů korun – jde o náklady na budovu a její vybavení. Spuštění provozu ústavu vyšlo zhruba na dalších 200 milionů korun. Náklady na provoz už jsou pak pokryty hlavně z národních zdrojů. V roce 2016 dosáhly celkové náklady ústavu zhruba 220 milionů korun.

Provoz ústavu je zatím z více než čtvrtiny financován z Národního programu udržitelnosti spadajícího pod Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy. V roce 2016 z něj ústav dostal 60 milionů korun, další peníze mají následovat. V roce 2020 bude ale program ukončen a ústav přijde o jediný zásadní garantovaný zdroj příjmů. Pravidelný příspěvek od svého zřizovatele Ministerstva zdravotnictví nedostává, jen v roce 2016 získal od resortu jednorázově 25 milionů korun. Pokud se situace nevyřeší, bude ústav závislý už jen především na nezaručených příjmech z grantů.

K financování ústavu po roce 2020 MZd uvedlo, že se jedná o relativně vzdálené období, které jde nad rámec současného rozpočtového výhledu. NKÚ doporučuje, aby MZd co nejdříve vyjasnilo, jak bude po roce 2020 řešeno financování ústavu, jehož vybudování a spuštění stálo přibližně 900 milionů korun.

Kontroloři také zjistili, že v letech 2014 až 2016 nevedl Národní ústav duševního zdraví správné a úplné účetnictví. Některé z účetních chyb se týkaly výstavby nové budovy v Klecanech. Odhalené chyby pramení i z toho, že ústav neměl fungující vnitřní kontrolní systém. NKÚ prověřil nákup 23 položek zdravotnického a dalšího vybavení a ani v jednom případě ještě před nákupem neproběhla řádná finanční kontrola. Interní audit NÚDZ zajišťoval pomocí externího dodavatele. Zprávy z provedených kontrol ale neodpovídají tomu, jak by měl výstup interního auditu vypadat. Podle NKÚ by se měl ústav na vnitřní kontrolu zaměřit, zrevidovat příslušné předpisy a nastavit pravidla tam, kde chybí.