Kontroloři se zaměřili například na to, jak MV budovalo centrální místo služeb (CMS) nebo jak zajišťovalo infrastrukturu pro operační střediska základních složek integrovaného záchranného systému (ITS NGN). Prověřili také, jak MV provozuje stávající komunikační infrastrukturu svého resortu. NKÚ zkontroloval čtyři konkrétní projekty a související právní a konzultační služby v celkové hodnotě 700 milionů korun a vyhodnotil, že z těchto peněz bylo 390 milionů použito neoprávněně. U dvou kontrolovaných projektů se také kvůli častým personálním změnám a chybám v řízení opakovaně posunovaly termíny jejich dokončení.

Komunikační infrastruktura veřejné správy tvoří základ pro poskytování elektronických služeb a výkon veřejné správy. Jejím zásadním prvkem je CMS, které umožňuje informačním systémům veřejné správy mezi sebou komunikovat. Projekt CMS měl být původně dokončen v roce 2010, ale nebyl hotov ani do konce kontroly NKÚ. Vzhledem k tomu, že vznik CMS byl financován z 85 % z evropských dotací, hrozí, že Česká republika o část těchto prostředků přijde. Do konce kontroly za něj MV přitom zaplatilo více než 394 milionů. Dokončen nebyl ani projekt ITS NGN, za který MV do konce kontroly zaplatilo téměř 152 milionů korun a který měl být také z 85 % financován z evropských dotací. I přes zjištěné nedostatky kontrolované projekty přispějí k rozvoji komunikační infrastruktury veřejné správy.

MV také zadalo pět veřejných zakázek na základě tzv. in-house výjimky konkrétnímu dodavateli, přestože zmíněné zakázky podle NKÚ nesplňovaly podmínky pro tento typ zadání. Do ukončení kontroly za ně MV zaplatilo 390 milionů korun.

Aby se provoz informačních a komunikačních technologií MV zlevnil a zefektivnil, začalo MV v roce 2009 převádět provoz, servis a rozvoj komunikační infrastruktury spolu s vybranými zaměstnanci na Českou poštu. Podle MV měl tento krok přinést úsporu nákladů a efektivnější poskytování služeb. Ani jeden z těchto předpokladů se do konce roku 2013 nenaplnil. Od roku 2014 se sice cena těchto služeb snížila o 2 %, stále ale chyběl systém plateb za skutečný výkon těchto služeb. Tento systém nebyl dokončen ani do konce kontroly NKÚ.