Na podporu průmyslových zón vynaložila Česká republika od roku 1998 do roku 2017 více než 12 miliard korun, ze kterých podpořila 102 průmyslových zón. Přesto MPO ani CzechInvest za tuto dobu nevytvořily průkazný a ucelený systém, podle kterého by spolehlivě vyhodnocovaly, co přesně rozdělené peníze přinesly – konkrétně kolik díky rozděleným penězům vzniklo pracovních míst či jaké množství peněz společnosti proinvestovaly. Ve svých dosavadních hodnoceních pracovaly často s neúplnými, neaktuálními a nevěrohodnými daty. Investorům například neuložily povinnost poskytovat podstatné údaje, jako jsou informace o vytvořených pracovních místech, výši investic a podobně.

NKÚ už v roce 2004 a v roce 2009 upozornil, že úplné, průkazné a skutečně objektivní hodnocení chybí.

Jasné není ani po 20 letech to, kolik podpora průmyslových zón rozdělovaná od roku 1998 skutečně přináší do státního rozpočtu. MPO v roce 2015 spočítalo, že přínosy podpory mají být vyšší než samotná rozdělená podpora až v roce 2021. Nezohlednilo ale řadu souvisejících podstatných příjmů i výdajů státu. Jde například o výši investičních pobídek, výdaje na přímou podporu konkrétních investorů a podobně.

Kontrola dále ukázala, že průmyslové zóny v České republice jsou v zásadě využívány – jejich obsazenost dosahuje přibližně 80 procent. Výjimku představuje zóna Holešov s rozlohou 280 hektarů. Ta byla původně připravována pro konkrétního investora, který se ale rozhodl ji nakonec nevyužít. Zóna je obsazena jen ze dvou procent, MPO přitom na ni vynaložilo téměř 1,1 miliardy korun. Zvýšit obsazenost zóny se zatím příliš nedaří a navíc její obsazení ztěžuje skutečnost, že je umístěna v ochranném pásmu podzemních vod. Podobná situace může nastat i v případě 20 kilometrů vzdálené připravované zóny Přerov-Bochoř – i v tomto případě si původní investor vybral jinou lokalitu a i tato zóna je v pásmu ochrany podzemních vod. Její vybudování by mělo vyjít přibližně na 1,4 miliardy korun.

Jedním ze záměrů České republiky bylo také přednostně podporovat vznik průmyslových zón na zregenerovaných plochách a areálech, které byly původně nevyužity a často i kontaminovány – tzv. brownfieldech. Ukázalo se však, že z celkového počtu 102 podpořených zón jich 98 vzniklo naopak na zelené louce. Od roku 2010 MPO nepodpořilo ze státních peněz vznik žádné průmyslové zóny na brownfieldu. V době kontroly se také uvažovalo o dalších čtyřech nových zónách na zelené louce, přičemž se počítalo i se záborem zemědělské půdy.

Kontroloři odhalili nedostatky i v případě rozdělování evropských dotací na rekonstrukce a modernizace objektů a areálů – tyto peníze měly například zvýšit konkurenceschopnost malých a středních podniků, zlepšit jejich uplatnění na zahraničních trzích a také přispět ke snížení provozních nákladů. MPO nesledovalo, jestli peníze podnikům v tomto ohledu pomohly. NKÚ prověřil vzorek 12 příjemců podpory s dotací 117 milionů korun a u šesti z nich se nepotvrdilo, že by peníze přinesly očekávaný efekt.