Kontroloři se také zaměřili na ministerstvem uhrazené úroky z prodlení a náklady řízení. Konkrétně prověřili vzorek 457 případů, v jejichž rámci stát poškozeným vyplatil téměř 455 milionů korun. Stranou nezůstaly ani tzv. regresní úhrady – u těch se NKÚ zabýval 42 případy v celkovém objemu více než 80 milionů korun. Kontrola ukázala, že MSp vypořádávalo žádosti o odškodnění často se zásadním zpožděním, v řadě případů se jimi začalo zabývat až poté, kdy poškozený podal žalobu.

MSp v kontrolovaných letech vypořádalo téměř polovinu žádostí o odškodnění až po uplynutí zákonné lhůty šesti měsíců. Rozsah prodlení byl v rozpětí od několika dnů až po krajní případ, kdy zpoždění dosáhlo 1 145 dnů.

Nejčastějším důvodem zpoždění bylo to, že MSp provedlo vůbec první úkon celého vypořádání – tzv. rozšetření – až po uplynutí zákonné šestiměsíční lhůty. To se týkalo 98 z 278 pozdě vypořádaných spisů. V drtivé většině těchto případů, konkrétně v 88 případech, začal resort s rozšetřením až ve chvíli, kdy poškozený podal žalobu.

Se zpožděními jsou spojeny i výdaje, kterým MSp mohlo včasným řešením žádostí předejít. Jednalo se o úhrady úroků z prodlení a náklady řízení před soudy, které MSp uhradilo poškozeným v případech, kdy jejich nárok nevypořádalo v zákonné lhůtě. Celkově se v kontrolovaných letech jednalo o 703 tisíc korun.

Pokud by resort sledoval lhůty spojené s vyřízením spisů, což byla jeho povinnost, mohl by těmto problémům předejít nebo je alespoň zmírnit. Jak ale kontroloři ověřili, MSp lhůty nesledovalo ani nijak nekontrolovalo.

V letech 2016 až 2021 MSp vypořádalo celkem 20 424 žádostí o odškodnění. Na jejich základě vynaložilo celkem 1,6 miliardy korun.