Podle NKÚ oba úřady naplánovaly a čerpaly v letech 2020 až 2023 peněžní prostředky na zajištění předsednictví v souladu se stanovenými prioritami, podle schválené struktury výdajů a na základě skutečných a doložených potřeb. Úřad vlády byl centrálním koordinátorem předsednictví a zadával finančně nejvýznamnější veřejné zakázky. Při jejich kontrole odhalil NKÚ jeden případ, kdy ÚV neprovedl zadávací řízení.

Na kontrolním vzorku 23 veřejných zakázek NKÚ ověřil, že ÚV a MZV postupovaly v souladu s právními předpisy. Výjimku tvořil jeden případ: Úřad vlády porušil zákon o zadávání veřejných zakázek, když na pořízení technického vybavení za cca 39 mil. Kč určeného pro neformální summit na Pražském hradě neprovedl zadávací řízení. Podle NKÚ se jedná o skutečnost nasvědčující porušení rozpočtové kázně.

Úřad vlády a MZV prováděly v rozpočtu předsednictví úpravy. NKÚ zjistil, že při tom vycházely z reálných potřeb vzniklých v průběhu předsednictví, že úpravy byly odůvodněné a věcně souvisely s předsednictvím.

Pro zajištění přípravy a realizaci celého předsednictví bylo na obou úřadech vytvořeno 97 dočasných systemizovaných míst. Jak NKÚ ověřil, tato dočasně zřízená pracovní místa byla po skončení předsednictví zrušena. V rámci celého předsednictví vytvořily zapojené resorty celkem 211 dočasných pozic.

NKÚ provedl mezinárodní srovnání výdajů na přípravu a zajištění předsednictví v Radě EU. Porovnal patnáct vybraných členských států, které pořádaly předsednictví v letech 2013 až 2023 – Německo, Španělsko, Francii, Švédsko, Rakousko, Chorvatsko, Česko, Slovinsko, Rumunsko, Estonsko, Finsko, Portugalsko, Litvu, Slovensko a Bulharsko. Šlo o vlastní šetření NKÚ na základě informací získaných z veřejně dostupných zdrojů. Přes omezenou srovnatelnost dostupných dat došli kontroloři k závěru, že se výdaje na české předsednictví pohybují těsně pod průměrem posuzovaných zemí EU.

Členské státy EU se opakovaně vždy po 13 letech ujímají předsednictví, které trvá šest měsíců. ČR předsedala Radě EU již dvakrát – od 1. července do 31. prosince roku 2022 a v 1. polovině roku 2009.