Kontroloři se zaměřili také na údaje, které MZd v roce 2017 předkládalo pro hodnocení plnění státního rozpočtu. Z nich se následně sestavuje finanční výkaz. V závěrečném účtu a finančním výkazu nezjistila kontrola významné nesprávnosti. V účetní závěrce zjistil NKÚ nesprávnosti za 3,2 miliardy korun. NKÚ prověřil i to, jak MZd napravilo chyby zjištěné v předchozí kontrole. Opatření, která MZd přijalo, jsou podle NKÚ dostatečná.

Většina nesprávností se týkala chybně vykázaných podmíněných závazků, které souvisí s transfery, a také nevykázání podmíněných pohledávek z předfinancování transferů v příloze účetní závěrky. Chyby mělo MZd také v přehledu o změnách vlastního kapitálu, ve kterém si nesprávně nastavilo algoritmus výpočtu některých položek. Tyto údaje jsou tak nespolehlivé.

Nesprávnosti zjištěné v ostatních výkazech účetní závěrky ale nebyly významné, NKÚ proto hodnotí údaje obsažené v těchto výkazech jako spolehlivé. Účetní závěrka MZd za rok 2017 tak podle názoru NKÚ podává věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví, s výhradou uvedených nesprávností.

Kontroloři také zjistili nedostatky ve vnitřním kontrolním systému, které měly negativní dopad na úplnost a průkaznost účetnictví, spolehlivost účetní závěrky a na dodržování povinností stanovených právními předpisy. MZd například v roce 2017 neuzavřelo smlouvu o poskytování právních služeb písemně, i když mělo povinnost ji uveřejnit v registru smluv. Na základě této nezveřejněné smlouvy pak ale MZd přijímalo služby, za které platilo. Zaplatilo tak přes 7 milionů korun bez účinné smlouvy. MZd tím porušilo zákon o registru smluv a zákon o rozpočtových pravidlech. NKÚ proto podal oznámení o porušení rozpočtové kázně finančnímu úřadu. Zároveň kontroloři zjistili, že se ztratily některé smlouvy na právní služby z předcházejících let.