V uvedených letech bylo podáno 2 943 562 žádostí o kompenzační bonus a celkem na něj bylo vyplaceno 48,3 mld. Kč. NKÚ zjistil, že podpora splnila cíl a zmírnila dopady vládních opatření, kterými byli zasaženi zejména živnostníci. V některých případech však došlo k jejímu zneužití. Podle kontrolorů existuje riziko, že některé subjekty zahájily podnikatelskou činnost s jediným záměrem – čerpat kompenzační bonus. Kontroloři dále poukázali na skutečnost, že správa kompenzačního bonusu byla administrativně náročná, neboť správci bonusu museli údaje z žádostí zadávat do informačního systému ručně.

Kontroloři NKÚ mají za to, že riziko účelového zahájení podnikání s cílem pouze čerpat bonus existuje u 1 490 subjektů. Kontrola zjistila, že těmto subjektům bylo v roce 2020 na kompenzačním bonusu vyplaceno celkem 39,2 mil. Kč, ačkoliv na něj neměly nárok. U 46 z nich vyhodnotil NKÚ toto riziko jako významné. Svoji činnost totiž zahájily mezi dubnem a srpnem 2020 a v daňových přiznáních za tento rok vykázaly nulové příjmy i nulovou daňovou povinnost. Přiznání k dani z příjmů za rok 2019 nepodaly. Zjištění kontrolorů tak může představovat podnět pro Finanční správu ČR k následnému prověření oprávněnosti nároku těchto subjektů na kompenzační bonus.

Oprávněnost a správnost vyplaceného kompenzačního bonusu prověřovali správci bonusu až následně po jeho vyplacení. Z celkem uhrazené částky prověřili (do 31. 7. 2022) 2,5 %, tedy 1,2 mld. Kč. Finanční správa ČR na základě těchto kontrol požadovala vrátit kompenzační bonus v celkové výši přibližně 133,2 mil. Kč. Příjemci do státního rozpočtu vrátili 114 mil. Kč. NKÚ upozorňuje, že letos uplyne tříletá lhůta pro stanovení daně z kompenzačního bonusu vyplaceného v roce 2020. Po jejím uplynutí nebude možné rozhodnout o vrácení neoprávněně vyplaceného bonusu.