V uvedených letech bylo podáno 2 943 562 žádostí o kompenzační bonus a celkem na něj bylo vyplaceno 48,3 mld. Kč. NKÚ zjistil, že podpora splnila cíl a zmírnila dopady vládních opatření, kterými byli zasaženi zejména živnostníci. V některých případech však došlo k jejímu zneužití. Podle kontrolorů existuje riziko, že některé subjekty zahájily podnikatelskou činnost s jediným záměrem – čerpat kompenzační bonus. Kontroloři dále poukázali na skutečnost, že správa kompenzačního bonusu byla administrativně náročná, neboť správci bonusu museli údaje z žádostí zadávat do informačního systému ručně.

Kontroloři NKÚ mají za to, že riziko účelového zahájení podnikání s cílem pouze čerpat bonus existuje u 1 490 subjektů. Kontrola zjistila, že těmto subjektům bylo v roce 2020 na kompenzačním bonusu vyplaceno celkem 39,2 mil. Kč, ačkoliv na něj neměly nárok. U 46 z nich vyhodnotil NKÚ toto riziko jako významné. Svoji činnost totiž zahájily mezi dubnem a srpnem 2020 a v daňových přiznáních za tento rok vykázaly nulové příjmy i nulovou daňovou povinnost. Přiznání k dani z příjmů za rok 2019 nepodaly. Zjištění kontrolorů tak může představovat podnět pro Finanční správu ČR k následnému prověření oprávněnosti nároku těchto subjektů na kompenzační bonus.

Oprávněnost a správnost vyplaceného kompenzačního bonusu prověřovali správci bonusu až následně po jeho vyplacení. Z celkem uhrazené částky prověřili (do 31. 7. 2022) 2,5 %, tedy 1,2 mld. Kč. Finanční správa ČR na základě těchto kontrol požadovala vrátit kompenzační bonus v celkové výši přibližně 133,2 mil. Kč. Příjemci do státního rozpočtu vrátili 114 mil. Kč. NKÚ upozorňuje, že letos uplyne tříletá lhůta pro stanovení daně z kompenzačního bonusu vyplaceného v roce 2020. Po jejím uplynutí nebude možné rozhodnout o vrácení neoprávněně vyplaceného bonusu.

Orgány Finanční správy ČR podaly 162 oznámení o skutečnostech nasvědčujících spáchání trestného činu zneužití bonusu za celkem 69,3 mil. Kč. Do 31. srpna 2022 soudy rozhodly o 18 trestních věcech vztahujících se k oznámením. Žadatelé na základě těchto rozsudků měli vrátit 5,6 mil. Kč vyplaceného bonusu.

NKÚ pozitivně hodnotí fakt, že dostupnost kompenzačního bonusu a rychlé vyřízení žádostí usnadnily žadatelům přístup k finančním prostředkům. Také na základě mezinárodního srovnání podpor poskytovaných v souvislosti s výskytem koronaviru SARS-CoV-2 lze podle kontrolorů NKÚ konstatovat, že ČR vyplácela tuto podporu dostatečně rychle.

Kontroloři však poukázali na skutečnost, že správa kompenzačního bonusu byla administrativně náročná, neboť nedošlo k zavedení automatizovaného zpracování žádostí a správci bonusu museli údaje z žádostí zadávat do informačního systému ručně. Výdaje na správu bonusu dosáhly jednoho procenta z celkově vynaložené částky, tj. téměř 457 mil. Kč. Ovlivnila je kromě nízké úrovně elektronizace i administrace duplicitních žádostí. Celkem bylo podáno 208 tisíc duplicitních žádostí o bonus. Výdaje na jejich zpracování dosáhly podle NKÚ cca 23 mil. Kč, tedy přibližně 5 % celkových výdajů na správu bonusu.

Nárok na bonus měly v letech 2020 až 2022 OSVČ, které splnily zákonem stanovené požadavky (především šlo o omezení činnosti v souvislosti se státem zavedenými opatřeními), a na základě novelizací zákona o kompenzačním bonusu i společníci vybraných společností s ručením omezeným a osoby vykonávající práci na základě dohody o práci konané mimo pracovní poměr, při které je založena účast na nemocenském pojištění. Denní výše příspěvku se pohybovala od 350 do 1 000 Kč podle typu příjemce a doby, ve které byl příspěvek čerpán.