Výstavba kostela je datována do let 1550 – 1562. Od té doby prošel objekt dvěma významnými přestavbami. První přestavbu, díky které kostel získal barokní podobu, nechala provést Anna Marie Toskánská. Poslední přestavbou si kostel prošel v roce 1863, kdy na zákupském zámku pobýval císař Ferdinand I., a získal svou současnou neogotickou podobu.

„Díky použití nekvalitní střešní krytiny v 90. letech 20. století se kostel nacházel ve špatném stavu. V poškozených částech masivně zatékalo do konstrukce krovu a do zdiva. Nefunkční krytina byla mezi lety 2016 – 2020 vyměněna a poruchy v krovu byly již odstraněny. Celkem bylo realizováno v tomto období pět etap obnovy krovu a výměny střešní krytiny nad lodí kostela a bočními kaplemi nad prostorem presbytáře. Zbývá tak poslední etapa obnovy, a to střecha nad vstupním přístavkem ve východní části a výměna střešní krytiny na věži.“ komentuje stav kostela a jeho náročné obnovy Bc. Petr Feige, územní odborné pracoviště v Liberci.