V oblasti akutní lůžkové péče je většina zdravotní péče hrazena formou DRG, která vyjadřuje míru komplikovanosti a náročnosti na konkrétní případ. Pro každý rok je tak stanovena vyhláškou tzv. celostátní základní sazba a ke všem výkonům, spadajícím do systému DRG, je přiřazena tzv. váha, která číselně (v podobě indexu) vyjadřuje právě náročnost a komplikovanost daného případu. Vyhláška MZ ČR dále stanovuje výpočet pro základní sazbu alfa (ZSalfa), která je pro rok 2012 tvořena ze 75 % individuální základní sazbou nemocnice (její výše se odvíjí od historických mechanismů úhrad a s nimi svázaného individuálního přístupu jednotlivých nemocnic) a z 25 % je tvořena celostátní základní sazbou stanovenou dle vyhlášky. Takto vypočtená ZSalfa se vynásobí váhou a tato částka pak činí konečnou úhradu za hospitalizační případ.

Podstatné je, že mechanismus vytváření individuální základní sazby nestanovuje VZP ČR, ale úhradová vyhláška MZ ČR, která obsahuje přesný mechanismus pro její výpočet, a ten je u všech nemocnic stejný. Ze zjištění, které má VZP k dispozici, vyplývá, že právě VZP hradí ZS vypočtenou důsledně dle vyhlášky a tedy daleko vyšší než jiné zdravotní pojišťovny. Právě ze situace, kdy ostatní zdravotní pojišťovny nehradí důsledně dle úhradové vyhlášky, se odvíjejí tak výrazné rozdíly mezi úhradami od jednotlivých pojišťoven za stejné zdravotní výkony i stejnou délku hospitalizace. Vzhledem k tomu, že VZP ČR stále hradí zdravotní péči za největší objem pojištěnců (cca 60 % z 10,5 mil. pojištěnců), má tento způsob úhrady velmi negativní dopad na financování zdravotní péče v porovnání s jinými zdravotními pojišťovnami.

VZP se opakovaně vůči MZ ČR snaží prosadit, aby všechny zdravotní pojišťovny hradily povinně stejnou ZS za stejnou zdravotní péči. V rámci tzv. dohodovacího řízení k úhradám zdravotní péče pro rok 2013 předložila VZP ČR návrh, aby u vybraných DRG skupin, zahrnujících homogenní případy, které jsou po ekonomické i medicínské stránce nezpochybnitelně podobné (např. porody, operace žlučníku, operace kýly atd.), byla stanovena jednotná ZS pro všechny nemocnice v ČR a zároveň povinnost úhrady v této výši všemi zdravotními pojišťovnami. VZP ČR také předložila návrh, aby byly rozčleněny nemocnice do dvou až tří skupin, pro které by platila rovněž jednotná ZS, opět s povinností úhrady v této výši všemi zdravotními pojišťovnami. Tento postup považuje VZP ČR jednoznačně za objektivní a průhledný. Uvedené návrhy předložila VZP ČR nejen v rámci dohodovacího řízení na rok 2013, ale rovněž písemně přímo MZ ČR. Stanoviskem VZP je sjednotit výše základních sazeb co nejdříve.

VZP ČR se důrazně ohrazuje proti nařčení, že hradí různým zdravotnickým zařízením různě, naopak – různě hradí různé zdravotní pojišťovny. VZP ČR se vůči MZ ČR svými návrhy na úpravu dikce úhradové vyhlášky opakovaně snaží výše úhrady za zdravotní péči co nejvíce objektivizovat.