ČD s tímto rozhodnutím nesouhlasily a podaly opravný prostředek. Krajský soud v Brně se ztotožnil s argumentací ČD a zrušil rozhodnutí ÚOHS. Na základě rozhodnutí Krajského soudu v Brně byla věc vrácena ÚOHS k dalšímu řízení, ve kterém dal i ÚOHS za pravdu národnímu dopravci a s konečnou platností rozhodl, že ČD postupovaly plně v souladu se zákonem. Pokuta již byla v plné výši dopravci vrácena.

V rámci navazujícího obnoveného řízení se ÚOHS plně ztotožnil s argumentací Českých drah, že všechny podmínky pro využití jednacího řízení bez uveřejnění v dané věci byly splněny, a že České dráhy postupovaly plně v souladu se zákonem. Vzhledem k tomu ÚOHS řízení zastavil. Pokuta byla národnímu dopravci vrácena.
České dráhy v tomto řízení úspěšně zastupovala advokátní kancelář Weil, Gotshal & Manges s.r.o.