Během podzimní migrace jsou volně žijící stěhovaví ptáci schopni tento nebezpečný virus přenést také na naše území. Jsou totiž přirozeným rezervoárem virů ptačí chřipky.  Nebezpečí přenosu do chovů drůbeže představují především stěhovaví, volně žijící vodní ptáci, protože se u nich nákaza klinicky neprojevuje.

Ve spolupráci se specializovanými laboratořemi zajišťuje Státní veterinární správa na území České republiky provádění monitoringu ptačí chřipky v souladu s evropskou legislativou. Program sledování je zaměřen především na zjišťování výskytu ptačí chřipky u volně žijících ptáků a různých druhů drůbeže v komerčních chovech. Za první pololetí roku 2014 bylo vyšetřeno celkem 18 volně žijících ptáků a 88 chovů drůbeže s odběrem 1 180 vzorků krve – vše s negativním výsledkem.

Jako preventivní opatření je v ČR zaveden tzv. „systém včasného varování“, kdy jsou chovatelé povinni hlásit Krajské veterinární správě pokles v příjmu potravy a vody, pokles v produkci vajec a zvýšené úhyny v chovu. V případě podezření na přítomnost nákazy v chovu drůbeže provede příslušná Krajská veterinární správa kontrolu s případným odběrem vzorků a přijme opatření s cílem zamezit dalšímu možnému šíření nákazy. Při zjištění zvýšeného úhynu volně žijících ptáků se provádí odběr a laboratorní vyšetření vzorků vždy.

Podzimní migrace ptáků zvyšuje riziko zavlečení ptačí chřipky do chovů drůbeže, proto je nutné, aby chovatelé průběžně sledovali zdravotní stav drůbeže a věnovali zvýšenou pozornost dodržování preventivních opatření v chovech. Prevence spočívá v ochraně chovů před zavlečením nákazy volně žijícími ptáky (zasíťování oken, větracích otvorů, zasíťování nebo úplné omezení výběhů). Především je důležité, aby voda a krmivo nebylo kontaminováno trusem volně žijících ptáků a bylo drůbeži podáváno uvnitř zařízení, hal nebo pod přístřešky. Další preventivní opatření spočívají v zákazu vstupu nepovolaných osob do hal, dodržování zoohygienických zásad v chovu, jednorázovém naskladňování a vyskladňování turnusů, aktivaci dezinfekčních rohoží před vstupy do jednotlivých hal a vjezdů na farmu. Dále je důležité vést řádnou evidenci o chovu drůbeže (úhyny, přesuny, veterinární zákroky) a v případě zvýšeného úhynu drůbeže, snížené užitkovosti, nebo jiných příznacích hromadného onemocnění neprodleně informovat místně příslušnou Krajskou veterinární správu.