Podle NKÚ Program IS IZS sice významně zlepšil komunikaci a koordinaci složek IZS, nicméně NIS IZS nesplnil minimálně pět ze třinácti dílčích cílů, které generální ředitelství HZS vytyčilo v projektové dokumentaci. Ministerstvo vnitra (MV) například podcenilo už přípravu projektu, když mylně předpokládalo, že v jeho rámci dokáže řídit a koordinovat i ZZS spravované kraji. To ovšem legislativa ministerstvu neumožňovala, což resort při přípravě projektu nezohlednil. V rámci projektu NIS IZS měly všechny složky IZS vzájemnou komunikaci převést na už vybudovanou integrovanou telekomunikační síť MV. Krajské ZZS se ke zmíněné síti nakonec – s ohledem na podporu z evropských prostředků – připojily. Ovšem s jednou výjimkou, kterou byla pražská ZZS, která se ke zmíněné síti nepřipojila. Operátoři záchranky v Praze tak museli i nadále všechny informace o zásazích předávat hasičům a policii telefonicky.

Garantem projektu NIS IZS bylo generální ředitelství HZS. To mohlo dodavatele systému vybrat v otevřené soutěži už v roce 2011, ale na požadavek Ministerstva vnitra zadalo tuto zakázku České poště, respektive jejímu Odštěpnému závodu ICT. Smlouvu s odštěpným závodem mohlo generální ředitelství HZS podepsat až v březnu 2013, projekt měl být přitom dokončen už koncem téhož roku. Odštěpný závod ICT navíc neměl ke splnění všech projektových úkolů dost zaměstnanců ani výpočetní techniky, musel vypsat některé zakázky, s nimiž původně nepočítal, a u některých zakázek se opozdil.

Ministerstvo vnitra tak svým požadavkem způsobilo, že celý projekt, který měl původně stát více než 527 milionů korun, nabral zpoždění. To ohrožovalo dočerpání evropských dotací. Generální ředitelství HZS proto vypustilo z projektu vznik národního systému příjmu tísňového volání za více než 150 milionů korun. Na vybudování NIS IZS se tak sice podařilo vyčerpat všechny evropské dotace, s nimiž Ministerstvo vnitra počítalo, na druhou stranu vypuštění klíčové části celého projektu fakticky způsobilo, že NIS IZS nesplnil další ze svých cílů – tedy vznik jednotné technologie pro příjem tísňového volání. Místo toho přetrvává dosavadní stav, kdy existuje celkem šest různých informačních systémů pro příjem tísňového volání.

To, že národní systém příjmu tísňového volání nevznikl, komplikuje mimo jiné využívání geografického informačního systému, který měl umožnit všem základním složkám IZS sdílet vizualizaci lokalizace místa události a pohybu sil vyslaných k zásahu. Stejně tak se nepodařilo vybavit všechny vozy IZS navigačním systémem, takže vizualizace operační situace je pouze částečná. Generálnímu ředitelství HZS se navíc do ukončení kontroly nepodařilo uzavřít s Odštěpným závodem ICT smlouvu na provoz NIS IZS, a to kvůli vysokým finančním požadavkům odštěpného závodu. Servis NIS IZS je tak zajištěn jen na záruční dobu, tedy do konce roku 2017. Další tři roky sice musí odštěpný závod poskytovat servisní podporu, není už ale jakkoli vázán lhůtou, do kdy musí případné závady odstranit.