Kritizován byl zejména postup vynětí společnosti ČD Cargo z režimu sektorového zadavatele, které bylo realizováno s podporou současného ministra dopravy Antonína Prachaře. Po předchozí důkladné analýze právního prostředí a realizaci příslušných opatření se podařilo vyjmout společnost ČD Cargo z tohoto režimu.

S účinností od 10. ledna 2014 došlo rozhodnutími Drážního úřadu ke změně licencí podle zákona o drahách. Společnost ČD Cargo, a.s., tak od tohoto data není v souladu s evropskou legislativou ani českým právním řádem v postavení sektorového (ani jiného) zadavatele dle zákona o veřejných zakázkách a nadále tak podle tohoto zákona není povinna postupovat. Tato skutečnost byla potvrzena i Úřadem pro ochranu hospodářské soutěže. ČD Cargo se tak přidává do skupiny tzv. „národních“ dopravců, kteří nejsou veřejnými ani sektorovými zadavateli. Nacházejí se tak ve skupině, kam již dnes patří například německý DB Schenker, polské PKP Cargo nebo švédské Green Cargo.

Tento krok znamená pro ČD Cargo výrazné zvýšení akceschopnosti a konkurenceschopnosti na liberalizovaném trhu, neboť zde již nevzniká povinnost soutěžit dodávky zboží a služeb podle zákona o veřejných zakázkách. Povinnost pokračovat jako sektorový zadavatel v realizaci svých funkcí v režimu zákona o veřejných zakázkách by totiž ČD Cargo značně znevýhodňovala oproti jeho konkurentům, kteří se v režimu zákona o veřejných zakázkách samozřejmě nepohybují, a proto byli vždy schopni reagovat na požadavky zákazníků mnohem pružněji než ČD Cargo. Taková situaci by byla zcela neudržitelnou a v podstatě velmi ohrožovala fungování nákladní železniční dopravy jako celku. Ministerstvo dopravy postupuje s péčí řádného hospodáře a uvedené opatření je plně v souladu s českým i evropských právním řádem. Co se týče rovněž komentované efektivity a hospodárnosti zakázek železničního dopravce, vynětí ČD Cargo z režimu zákona o veřejných zakázkách současně rozhodně neznamená, že by mělo docházet k neefektivnostem při nákupu zboží a služeb. Efektivnost procesů zajišťuje totiž jednak silný konkurenční tlak v tomto odvětví železniční dopravy a také systém zadávání zakázek nastavený vnitřními předpisy společnosti. Naopak, lze se domnívat, že v praxi bude docházet k efektivnějšímu postupu zadávání takových zakázek v souladu s principy tržního hospodářství. Podobným procesem již v minulosti prošli prakticky všichni státem vlastnění nákladní dopravci v Evropě, jako např. v Německu DB Schenker nebo v Rakousku Rail Cargo Austria.