Snížení rozpočtu ministerstva školství v souvislosti se zavedením zlevněného jízdného se žádným způsobem nedotklo financí na regionální školství, tedy platů pedagogických či nepedagogických pracovníků nebo ostatních neinvestičních výdajů regionálního školství. MŠMT se v souvislosti s financováním zlevněného jízdného krátil rozpočet o 400 milionů korun. Téměř 300 milionů půjde z nedočerpaných prostředků na mezinárodní spolupráci ve vědě a výzkumu.

Zbývajících 100 milionů korun pak půjde na vrub investičnímu programu pro vysoké školy, kde i přes prodloužení termínu realizace v letošním roce opět nedojde k dočerpání plánované alokace ze strany vysokých škol. Hrazení zlevněného jízdného se tedy nijak nepromítne do peněz pro školy a učitele.