Mezi hlavní politické priority předsednictví patří zvládnutí uprchlické krize a poválečná obnova Ukrajiny, energetická bezpečnost, posílení obranných kapacit a kybernetická bezpečnost, strategická odolnost evropské ekonomiky a odolnost demokratických institucí.

Česká vláda bude částečně ovlivňovat agendu ministerských a dalších jednání, která bude řídit. Náplň předsednictví ale bude z velké části vyplývat z dlouhodobých unijních priorit. Česko čeká například vyjednávání o konečné podobě některých klimatických či digitálních pravidel včetně emisní reformy nebo zásadního omezení prodeje aut se spalovacími motory.

Na červnovém jednání v Bruselu lídři EU požádali premiéra Fialu, aby Česko v následujícím půlroce uspořádalo neformální summit na téma širší spolupráce EU s nečlenskými státy. V rámci říjnového jednání v Praze by šéfové států a vlád sedmadvacítky mohli řešit také otázku Ukrajiny.

Fiala i ministr pro evropské záležitosti Mikuláš Bek (STAN) dříve několikrát zmínili, že by si přáli, aby se summit týkal poválečné obnovy Ukrajiny a mohl se ho osobně zúčastnit ukrajinský prezident Volodymyr Zelenskyj. To však bude záležet na situaci v zemi, kterou 24. února napadlo Rusko.

Své priority v minulých dnech představili také jednotliví ministři. Například ministerstvo práce a sociálních věcí se zaměří na zvládání uprchlické vlny v Evropě, opatření pro domácnosti a firmy kvůli rostoucím cenám energií či stanovení podmínek práce přes platformy. Resort dopravy chce prosazovat úpravu dopravních sítí, tématem ministerstva zemědělství bude potravinová bezpečnost nebo pesticidy. Ministerstvo pro místní rozvoj se chce zaměřit na politiku soudržnosti, regionální rozvoj, cestovní ruch a elektronizaci veřejných zakázek.

Logo českého předsednictví se skládá z grafického znaku a textové části. Grafický znak obsahuje celkem 27 prvků reprezentujících stejný počet členských států EU. Každý prvek vychází z barev vlajky konkrétního státu, jejich tvar je stylizovanou podobou střelky kompasu. Za motto byl zvolen výrok „Evropa jako úkol“, který ve stejnojmenné eseji publikoval první český prezident Václav Havel v roce 1996.

Poprvé Česko stálo v čele Rady EU v první polovině roku 2009. Předsednictví bylo výrazně ovlivněno březnovým pádem vlády Mirka Topolánka. Současný kabinet Spolu (ODS, KDU-ČSL, TOP 09) a Pirátů se Starosty a nezávislými (STAN) se podle dřívějších vyjádření svých členů podobného scénáře neobává.

Rozpočet nynějšího předsednictví má být oproti roku 2009 výrazně úspornější. V letech 2007 až 2009 bylo vyčleněno 3,75 miliardy korun, nyní se celkové výdaje předpokládají o 1,5 miliardy nižší. Kvůli úsporám kabinet ustoupil od původních snah o co největší počet akcí v regionech.