Kromě vyšetřování daňových zločinů navrhuje MF, aby se Celní správě rozšířila pravomoc na prověřování trestních oznámení u daní. Celníci by také měli podle ministerstva získat kompetence k vyhledávání, zajišťování a legalizaci výnosů z trestné činnosti. Vyplývá to z koncepce rozvoje Celní správy v oblasti trestního řízení, kterou dnes médiím představil ministr financí Andrej Babiš (ANO). Takové pravomoci podle něj mají mají celníci ve většině zemí EU.

Nejdříve lze podle Babiše prosadit tyto změny od roku 2018, podle náměstkyně Schillerové úřad zatím počítá s platností od roku 2019. "Koncepce bude připravena na klíč pro příští vlády a neomezí pravomoci policie," uvedla.

Návrh podle ministerstva počítá s tím, že působnost pověřených celních útvarů nebude výlučná, ale naopak společná s policií. Zda by vyšetřování prováděla Celní správa, nebo policie, bude záviset podle úřadu na tom, kdo se o trestné činnosti dozvěděl dříve, a na konkrétních okolnostech případu. Celní správa by měla o zahájení vyšetřování informovat příslušný útvar policie. "Vyvstane-li spor o příslušnost těchto orgánů, rozhodně o něm státní zástupce," uvedlo MF. Celníci již dnes stejně jako policie při řešení trestných činů podléhají dozoru státního zástupce.

Celníkům se od konce července, kdy nabyl účinnosti tzv. celní balíček, rozšířily kompetence ohledně prověřování trestních oznámení u DPH. Dosud mohli provádět šetření jen u dovozu, vývozu a tranzitu zboží, nově mohou řešit celý tuzemský trh. Budou se tak zabývat oznámeními od finanční správy i od veřejnosti. Nově chtějí celníci prověřovat především daně z příjmu.