Nejvyšší kontolní úřad se zaměřil na období let 2012 až 2014. Upozornil například na to, že na co má úřad své lidi, nemůže nechat vytvářet externisty na mimopracovní dohody. A právě mnohé dohody nedokáže úřad ani rozklíčovat. Týká se to například Lukáše Kauckého, který byl v roce 2013 poradcem. Kontrolní protokol nyní uvádí, že ve výkazech práce nejsou poradenské činnosti konkretizovány. „Je uvedeno jen zpracování vládní agendy, příprava vládní agendy, nebo není uvedeno nic,“ stojí v kontrolním protokolu. A není jedinou osobou, u které není jasno. Ministerstvo se však kontrole brání. Podle něj vykonanou práci potvrzuje měsíční výkaz odpracovaných hodin.

Nejvyššímu kontrolnímu úřadu se nelíbilo ani školné pro děti pracovníků vyslaných do zahraničí. Ministerstvo prý používá neprůhledný systém, podle něhož určuje výši nároku na školné v jednotlivých zemích, jehož výsledkem jsou mimo jiné až statisícové rozdíly v částkách. 

Úřad však zaujala i ztráta uměleckých předmětů, k níž došlo po uzavření ambasády v Bogotě na podzim roku 2010. V kontejneru, v němž byly předměty navraceny totiž chybělo 11 děl uvedených na kolumbijském seznamu, místo nich tam bylo osm jiných předmětů. I přestože měli následně škodu uhradit dva ministerští úředníci, nedošlo k tomu.