Obžalobě čelí bývalý premiér a předseda opozičního hnutí ANO Andrej Babiš, a to společně se svou někdejší poradkyní Janou Nagyovou (dříve Mayerovou). Oba vinu odmítají. Podle státního zástupce způsobili škodu 50 milionů korun.

Obžaloba uvádí, že Babiš svým vlivem a činností podvodně zajistil vytvoření podmínek k tomu, aby Farma Čapí hnízdo navenek splňovala požadavky pro získání evropské dotace pro malé a střední podniky. Podle státního zástupce si byl přitom vědom toho, že společnost je propojená s firmami z jeho holdingu Agrofert. Úspěšnou žádost o dotaci podala v únoru 2008 Nagyová, tehdejší místopředsedkyně představenstva Čapího hnízda.

Nagyová je obviněná z dotačního podvodu a z poškození finančních zájmů EU, Babiš pak z pomoci k dotačnímu podvodu. Oběma hrozí až desetileté vězení, státní zástupce pro ně žádá tříleté podmínky. Navrhl pro ně také peněžité tresty - pro Babiše desetimilionový, pro Nagyovou půlmilionový. Babiš proces označuje za politický a tvrdí, že skutečným důvodem stíhání je snaha odstranit ho z politiky.