V Bavorsku Neubauer mimo jiné působil jako zemský ministr práce a sociálních věcí. V rámci SL pak hájil zájmy Němců vysídlených z českých zemí. Do širšího povědomí se dostal hlavně v 90. letech, kdy se neúspěšně snažil přimět německou vládu, aby vysídlení prohlásila za genocidu. Jeho snahy o usmíření mezi Němci a Čechy po roce 1989, které zároveň provázely četné požadavky vůči Praze, však narážely na české straně na nepochopení. České politiky později Neubauer kritizoval, že se prý vracejí ke starým pozicím a umožňují recidivu nacionalismu.

Kriticky se Neubauer stavěl k československo-německé smlouvě o dobrém sousedství a přátelské spolupráci z roku 1992 i k pozdější česko-německé deklaraci z roku 1997. Dokumenty podle něj přinesly jen málo pozitivního a řešení vzájemných problémů obsahovaly jen v náznacích. Opakovaně také volal po podmínění vstupu České republiky do Evropské unie zrušením dekretů. Chtěl také, aby odškodnění českých obětí nacismu bylo provázáno s odškodněním Němců, kteří čelili násilí a bezpráví ze strany Čechů.