V roce roce 2008 vláda schválila novou koncepci rozvoje Národní knihovny s důrazem na stavební revitalizaci Klementina a dostavbu objektů v Hostivaři. Vládní koncepce stanovila, že jádrem  Národní knihovny zůstane Klementinum a v Hostivaři se postupně vybudují skladovací prostory pro knižní fondy. Klementinum mělo být opraveno a modernizováno potřeby Národní knihovny pro knižní fondy. Klementinum mělo být opraveno a modernizováno potřeby Národní knihovny na úrovni 21. století. Vláda tehdy celou akci vyčlenila 1,8 mld. Kč.

V letech 2010-2011 proběhla 1. etapa revitalizace a rekonstrukce Klementina. V roce 2011 byla ina. V roce 2011 byla ina. V roce 2011 byla zahájena novostavba první budovy Centrálního depozitáře v Hostivaři a Vláda ČR ve svém usnesení č. 549 ze dne 19.7.2012 schválila instalaci automatického systému distribuce dokumentace v revitalizovaném Klementinu a vyčlenila na ni potřebné finanční prostředky.

V roce 2012 byla zahájena 2. etapa revitalizace Klementina a dle plánu měla být zkolaudována v roce 2014. Jenže rekonstrukce se protáhla až do roku 2017 a prodražila o celou jednu třetinu na konečných 569 337 000 Kč.

Poslední 3. etapa má být zahájena v nejbližší době. A právě ta odborníky děsí nejvíce. Současný generální ředitel ihned po svém nástupu opustil tehdejší ministerstvem kultury schválenou koncepci 3. etapy a odstranil z ní nejpodstatnější prvky pro úspěšné fungování Národní knihovny v Klementinu. Například upustil od propojení Haly služeb na nově využitý a rozšířený suterén, zrušil instalaci automatického systému distribuce dokumentů schválený Vládou ČR v roce 2012, upustil od plánu zřízení logistického uzlu zásobování Klementina z Hostivaře, upustil od zřízení bezbariérových přístupů do základních veřejných prostor apod. A právě tím zajistil budoucí nefunkčnost Národní knihovny v Klementinu. Z titulu své funkce je generální ředitel Kocanda povinen plnit rozhodnutí vlády, tedy vybudovat novou knihovnu v Klementinu. Avšak vlády, tedy vybudovat novou knihovnu v Klementinu. Avšak vlády, tedy vybudovat novou knihovnu v Klementinu. Avšak jeho rozhodnutí a zásahy způsobují pravý opak  a výsledkem miliardové investice bude rekonstruovaná památka, nikoliv knihovna. (více ZDE)

Navíc celá řada již rekonstruovaných prostor je stále prázdná nebo poloprázdná. A co konkrétně odborníci záměru vedení Národní knihovny vytýkají? 

• zrušení dopravníku na knihy, který je základní logistickou strukturou pro propojení studoven, skladů a dalších pracovišť Klementina. Ušetřených necelých 100 milionů korun bude rozpuštěno do vícenákladů
• bude docházet k vzájemnému křížení tras a prostor pro uložení knihovních fondů, prostorů pro pracovníky a pro veřejnost
• v navržené dispozici se bude běžně pohybovat veřejnost mezi sklady s konzervačními fondy
• dojde k několikanásobnému prodloužení zásobovacích tras
• nebude realizována centralizovaná distribuce dokumentů
• skladovací kapacita Klementina je redukována z původních cca 2,5 milionu knihovních jednotek na cca 1,3 -1,4 milionu knihovních jednotek
• skladovací kapacita nebude postačovat ani na uložení české produkce dokumentů, na kterou směřuje cca 80% všech požadavků uživatelů
• po dokončení revitalizace bude v Klementinu uloženo pouhých 17% celkového objemu knižního fondu
• dojde ke zvýšení požadavků na přepravní kapacity mezi Klementinem a Hostivaří a k podstatnému zhoršení podmínek pro ochranu a trvalé uchování dokumentů

Ústřední knihovnická rada ČR, Sdružení knihoven ČR a Svaz knihovníků a informačních pracovníků ČR proto v listopadu 2018 bili na poplach a ve svém Prohlášení k situaci v Národní rodní knihovně ČR varovali: „Nebude splněn původní cíl rekonstrukce. Většina knihovních fondů bude uložena v depozitářích průmyslové čtvrti Hostivař a trvale převážena mezi Klementinem a Hostivaří. Spolu s realizací 3. etapy revitalizace Klementina nebude instalována jediná plánovaná technická vymoženost  – dopravník knih, ačkoliv bylo připraveno redukované trasování dopravníku tak, aby byl dodržen stanovený limit financování. Náklady na revitalizaci Klementina překročí částku 2 miliardy Kč, ale již nyní je zřejmé, že služby v novém Klementinu budou omezené a nebudou odpovídat nárokům na národní knihovnu v 21. století.“

„Napadá mne paralela, jako kdyby porodnice U Apolináře, která také nutně potřebuje investici do opravy budovy a modernizaci provozu dostala od vlády dvě miliardy výstupem a výstupem by byla opravená budova, do které by se ale nemohl vrátit zdravotnický provoz a pan profesor Pařízek by ještě před skončením oprav začal upozorňovat, že bude potřebovat postavit novou porodnici. Přesně takové trestuhodné fiasko nyní sledujeme v případě opravy a modernizace Klementina,“ říká říká viceprezident ASORKD Martin Kadrman.