Nejdříve se vyrovnal s bludy Františka Palackého, které převzali Masaryk a Jirásek (Masaryk však bez Palackého přesvědčení o pravosti Rukopisů). Následující citace Pekařových slov poslouží též jako malý čtenářský test.

„Nevěříme v žádnou vysokou původní kulturu staroslovanskou (co tu bylo v počátcích dějinného života, dodali Gótové a pak zejména Byzanc – Pekařova poznámka v originálu) a klademe důraz na to, že snad vše, co zahrnujeme pod pojem kultury, vnášela do Čech od počátku jejich státního života cizina. Popatříme-li dnes kolem sebe, není asi ničeho, co vidíme, čím a jak žijeme, nač myslíme a činíme, co by nebylo ovlivněno nebo přímo dáno cizinou. V stoletích minulých, po přetržení cest do Byzance, nebyl sic vliv Evropy, t. j. vliv románské a germánské Evropy, tak rychlý, bezprostřední a přímý jako dnes, ale jako dnes naše technika, hospodářství, ústava, administrativa, právo, věda, literatura, krátce všechen život hmotný, společenský i duchovní jest jen formou nebo přímo kusem pokroku a stavu západoevropského, tak tomu bylo v podstatě i v stoletích minulých… vzor ciziny působil, jak opakuji, do všech stránek života a do všech projevů jeho… Tedy ne pouze stýkání a potýkání podle formule Palackého, ale stálé přejímání, podléhání, sycení se vzorem života a myšlenky pokročilejších sousedů světa germánského a románského jest nejmocnějším a daleko nejvýznamnějším faktem a faktorem našich dějin. Nechci prodlévati u otázky, pokud platí tato these o všech národech evropského kruhu kulturního – není jistě žádného, jenž by nepodléhal příkladu a vzoru pokročilejšího souseda. Na př. o Němcích středověku platí velkou měrou totéž, co bylo pověděno o závislosti Čechů na cizí vyšší kultuře souseda: Němci nám tenkrát jen prostředkovali pokroky, jimž se sami v sousedství naučili, podobně my podobnou roli prostřednickou hráli v středověku zejména směrem do Polska… Na rozdíl od Palackého a jeho pojetí třeba zdůrazniti, že jest to podíl v myšlenkové a mravní snaze, k níž nás vychovala, již k nám vnesla cizina, nikoliv něco, co by nezávisle od Evropy vyrostlo samo z českého ducha a prostředí. A druhým faktorem nesmírného dějetvorného účinu jest naše geografická poloha mezi národy, v tom především naše poloha mezi Němci. Měla vliv směrem několikerým; vytkněme z toho to nejdůležitější. Především byli to Němci, jejichž prostřednictvím a v jejichž rouše vstupovaly k nám pokroky, vzory a duchovní směrnice Evropy – nezapomínám přímých styků s Italií nebo s Francií, Anglií, Španěly, Nizozemím, ale německé prostředkování i německé vlivy přímé měly nepochybnou převahu. Při tom pro dobu středověkou třeba položiti důraz na to prostředkování – dnes na příklad víme na rozdíl od doby Palackého, že ani feudalismus není zjev původem německý nebo germánský, ani že to nebyli Němci, kteří stvořili stav městský se vším, co s tím novotvarem ohromné sociální, hospodářské i kulturní důležitosti souviselo – ale byli to Němci, kteří jej od západu převzali a k nám v německé podobě vnesli. Co dále? Od počátku svých dějin byli jsme závislí na moci německé i politicky – zdatnosti (i vojenské zdatnosti – Pekařova poznámka v originálu) našeho kmene, chráněné poloze země i dobré politice našich panovníků se sic podařilo zlomiti nebezpečí této závislosti a konečně dáti státu českému přední, privilegované postavení v Říši, dáti českým králům v ruce moc císařův římských. Němec… nás nutil k napodobení, závodění, ke snaze vyrovnat se pokrokům a dovednostem a zámožnosti a moci jeho – i v tom směru měla naše osudová poloha mezi Němci na nás vliv velmi blahodárný; jsme-li v schopnosti hospodářské a průmyslové, jsme-li v administrativě, kázni a pracovitosti dále než ostatní národové východní, děkujeme za to především výchově německé. A třeba říci, že víc než výchově: my se během staletí s Němci promísili mnohonásob, přijali mnoho krve německé do svých žil, změnili i rasově podstatně svou povahu: má-li dnes čtvrtina Čechů v Čechách jména německá, je to dokumentem nikoli germanisace, nýbrž čechisace, ukázkou, kolik asi Němců odcizeno bylo své národnosti na tomto historickém českoněmeckém zápasišti. I ten fakt působil ovšem nesmírně na naši míru odolnosti vůči Němcům a na naši snahu vyrovnati se jim – Němci se zčásti počeštili jazykově, my poněmčili vlastnostmi a schopnostmi.“

Kdo ze čtenářů se začal nad právě přečtenými slovy Josefa Pekaře nelibostí ošívat nebo komu se dokonce zlostí začala otevírat kudla v kapse, je český národovec ovlivněný, spíše zhlouplý líbivými, leč lživými pohádkami Jungmanna, Palackého, Masaryka, Jiráska a dalších i současných vykladačů dějin o minulosti skvělého národa Čechů definovaného jazykově.

Možné východisko pro soužití mezi oběma hlavními zemskými národy v českých zemích nastiňovala i Pekařova slova zveřejněná v roce 1935 v Peroutkově Přítomnosti. Poté, co o sobě konstatoval, že je český nacionalista (!), posuzující všechny důležité otázky na základě kritérií prospěchu národní společnosti, uvedl: