Prezident s určitými výjimkami podmínečně prominul nepodmíněné tresty v délce až dvou let (u osob nejméně sedmdesátiletých dokonce 36 měsíců). Prezident prominul podmíněné tresty osobám starším 70 let a dále těm odsouzeným, u kterých délka trestu nepřekročila dva roky. Rovněž odpustil tresty obecně prospěšných prací a domácího vězení.

Na základě amnestie bylo zastaveno trestní stíhání 265 obviněných

Klaus dále  nařídil, aby bylo zastaveno pravomocně neskončené trestní stíhání, pokud od jeho zahájení uplynulo k 1. lednu 2013 více než osm let. Výjimkou byly kauzy, v nichž podle trestního zákoníku hrozil více než desetiletý trest. Amnestie se podle údajů Ministerstva spravedlnosti dotkla 111.263 odsouzených a obviněných. Nepodmíněné tresty prominula 19.820 lidem. Fakticky ale vyšlo z věznic jen kolem 6500 lidí, neboť řada odsouzených k výkonu trestu vůbec nenastoupila. Podmíněné tresty prominuly soudy na základě amnestie 81.133 odsouzeným. Obecně prospěšné práce nemuselo vykonat 9660 lidí a domácí vězení bylo odpuštěno 385 pachatelům.

Na základě amnestie bylo zastaveno trestní stíhání 265 obviněných. Abolice se týkala některých známých kauz, například Progres Invest, H-System, fondů Trend a Mercia nebo údajných stamilionových podvodů, kterých se podle žalobců dopustil podnikatel a někdejší šéf Českomoravského fotbalového svazu František Chvalovský. Velkou pozornost médií vzbudila také částečná amnestie někdejšího soudce Jiřího Berky, viněného ze zmanipulovaných konkurzů. O platnosti amnestie u některých sporných případů ještě justice definitivně nerozhodla.

K 1. lednu 2013 si v českých věznicích odpykávalo tresty 22.638 osob. Na základě amnestie opustilo věznice 6443 z nich, tedy 28,5 procenta všech vězňů. Nejvíce amnestovaných propustila věznice v Kynšperku nad Ohří (440 osob), následovaná káznicemi ve Stráži pod Ralskem (383 osob) a Světlé nad Sázavou (332 amnestovaných). Naopak nejméně vězňů odešlo na amnestii z Mírova (čtyři lidé), vazební věznice v Teplicích (28 amnestovaných) a věznice v Břeclavi (39 osob).

Kriminalita vzrostla o sedm procent

Ministerstvo spravedlnosti v souvislosti s úbytkem vězňů zrušilo věznici Drahonice, zakonzervovalo tři pobočky věznic ve Velkých Přílepech, Vyšních Lhotách a Poštorné a opustilo záměr vybudovat detenční ústav a věznici ve Vidnavě. Pro rok 2014 se však rozhodlo zachovat stejný počet příslušníků Vězeňské služby s odůvodněním, že úbytek vězňů nemá vliv na to, kolik příslušníků vězeňská stráž potřebuje.

Policejní prezident Martin Červíček počátkem prosince uvedl, že za prvních deset měsíců roku 2013 vzrostla v ČR kriminalita ve srovnání se stejným obdobím předchozího roku o sedm procent, a to i kvůli amnestii. Trestná činnost prý výrazně kulminovala v prvních měsících roku, největší nárůst policie zaznamenala v oblasti majetkových trestných činů. Více než třetinu propuštěných začali policisté podle Červíčka znovu stíhat.

Za rozsah amnestie a za zastavení dlouhotrvajících trestních stíhání byl prezident Klaus kritizován. Oponentům vadilo, že nebudou dořešeny některé kauzy závažné hospodářské kriminality z 90. let. Rovněž poukazovali na to, že amnestie ztěžuje možnost obětí trestných činů domoci se svých nároků. Amnestie byla jedním z důvodů, proč část senátorů podala na Klause ústavní žalobu pro velezradu, první v dějinách ČR. Ústavní soud však řízení s hlavou státu zastavil s odůvodněním, že Klausův prezidentský mandát krátce po podání žaloby vypršel.

Pozornosti neunikl ani Nečas

Kritika se v souvislosti s amnestií snesla také na tehdejšího premiéra Petra Nečase (ODS), jenž ji spolupodepsal. Nečas se hájil tím, že amnestie je výsostným právem prezidenta a předseda vlády svým podpisem pouze potvrzuje, že akt není v rozporu s právním pořádkem. Tehdejší opozice a někteří právníci ale takové vysvětlení zpochybňovali. Opozice se dokonce kvůli amnestii pokusila vyslovit vládě nedůvěru, ale neuspěla.

V půlce prosince informoval server Aktuálně.cz o nahrávce z letošního ledna, na které prý Nečas tvrdil své blízké spolupracovnici Janě Nagyové (nyní Nečasové), že svůj spolupodpis pod amnestií vyměnil za souhlas prezidenta s vládním konsolidačním balíčkem. Nečas takovou interpretaci odmítl a informaci popřeli také někdejší blízcí Klausovi spolupracovníci z prezidentské kanceláře Petr Hájek i Ladislav Jakl.

Velkou pozornost vzbudila otázka autorství textu amnestie. Za možné autory byli v médiích označováni Klausův tajemník Ladislav Jakl, bývalý prezidentský vicekancléř Petr Hájek, bývalý hradní právník Pavel Hasenkopf nebo právník Zdeněk Koudelka.