I když počátky samostatného Numismatického oddělení můžeme datovat od roku 1939, historie jeho sbírek sahá až k samotným počátkům Františkova muzea. Nejstarší záznam v numismatickém inventáři je z roku 1816 a první seznam sbírky byl pořízen v roce 1824.

V současné době je Numismatické oddělení jedním ze dvou odborných specializovaných pracovišť v České republice, zaměřených speciálně na peněžní historii a spravující druhou největší sbírku platidel. Sbírky, čítající téměř 250 000 položek z celého světa, jsou tvořeny primárně numismatickým materiálem, který zahrnuje období od 7. stol. př. n. l. až do současnosti. Základem sbírky je materiál moravské provenience, jejíž součástí jsou i hromadné mincovní nálezy z historického území Moravy.

Návštěvníci tak zhlédnou širokou paletu historických předmětů – od ukázek řeckých, římských a keltských ražeb Antiky až po medaile, jež jsou vrcholem barokního medailérského umění.