Česká republika v programovém období 2009 až 2014 získala v rámci této podpory více než 3,2 miliardy korun. Kontrola ukázala, že rozdělování této podpory funguje – ke konci roku 2017 se podařilo vyčerpat více než 90 % z připravených peněz. Systém spojený s rozdělováním peněz byl ale zbytečně složitý a administrativně náročný.

Peníze z finančních mechanismů Evropského hospodářského prostoru a Norska putovaly do celé řady oblastí a rozdělovaly se v rámci velkého množství 15 tematicky zaměřených programů. V praxi to znamenalo nutnost vytvářet, zpracovávat a ověřovat velké množství dokumentů nebo například nastavovat pro každý program zvlášť kontrolní mechanismy. Také samotná koordinace mezi velkým množstvím zapojených institucí a subjektů byla složitá.

Přitom více než 60 % z připravených peněz se rozdělovalo jen ve čtyřech programech. Mezi zbývajícími programy naopak byly i takové, které obsahovaly pouze jediný projekt – i takové programy je však třeba vést, spravovat, řešit odpovídající dokumentaci a plnit další povinnosti spojené s jejich administrací. Pokud by podpora nebyla takto roztříštěná a soustředila se do menšího množství programů, bylo by rozdělování podpory jednodušší a efektivnější.

NKÚ se dále zaměřil na cíle jednotlivých programů, které stanovují, čeho by se za rozdělené peníze mělo dosáhnout. Ukázalo se, že u 11 ze 14 prověřovaných programů na to nelze odpovědět – stanovené cíle byly pouze obecnými prohlášeními bez jasně měřitelných kritérií. Šlo například o cíl „spravedlivější a účinnější soudní systém“ a podobně. Co to přesně znamená a jak se pozná, že se takového cíle podařilo dosáhnout, to není jasné.

Na vzorku prověřených projektů NKÚ neodhalil větší nedostatky. Z prověřených přibližně 230 milionů korun našli kontroloři nedostatky ve výši dva a půl milionu korun.