Kontroloři se zaměřili především na náklady spojené s činností těchto organizací, například na právní a poradenské služby, spotřebu materiálu či mzdy, a také na to, jak organizace zacházely s majetkem státu. Prověřili i to, jak MD a ŘVC přistoupily k nápravě nedostatků, které popsala předchozí kontrola NKÚ z roku 20141. Z kontroly nevyplynuly závažnější nedostatky, s výjimkou několika problémů, které se táhly už řadu let. Ty se týkaly nevýhodné smlouvy, která pro stát znamenala desetimilionové výdaje navíc, a vleklého majetkoprávního vypořádání souvisejícího s umístěním dálnice.

Ředitelství vodních cest v roce 2009 uzavřelo se soukromou firmou nevýhodnou smlouvu na úhradu nákladů spojených s provozem vlečky na železniční trati Kolín–Nymburk. Firma na základě této smlouvy vyfakturovala částku 36 milionů korun, kterou ale ŘVC odmítlo uhradit, ačkoliv k tomu nemělo relevantní důvod. Následné soudní spory prohrálo a kvůli pokutám, úrokům z prodlení a soudním výlohám muselo nakonec zaplatit celkově 100 milionů korun.

Další příklad nehospodárného nakládání s penězi se týká vleklého majetkoprávního vypořádání vlastnictví pozemků, na kterých stojí dálnice v Praze-Slivenci. Vypořádání se táhlo od roku 2000 a státu se podařilo pozemky odkoupit až po dlouhých 17 letech. Během této doby MD zaplatilo vlastníkům za bezdůvodné obohacení státu a soudní výlohy přes 47 milionů korun. Pokud by majetkoprávní vypořádání netrvalo takto dlouho, zaplatil by stát podstatně méně peněz.

Kontroloři také ověřili, jak MD a ŘVC přistoupily k plnění nápravných opatření, která měla odstranit nedostatky odhalené v minulé kontrole NKÚ. Ukázalo se, že opatření kontrolované organizace skutečně zavedly – například Ředitelství vodních cest se podařilo snížit provozní náklady, v některých případech také omezilo využívání externích dodavatelů a v neposlední řadě se přestěhovalo do sídla MD.