Náklady na jeden kilometr modernizace byly u III. koridoru 176 milionů korun, u IV. koridoru 203 milionů korun. Modernizace se podle NKÚ neúměrně prodlužuje. Podobný problém přitom kontroloři popsali už v roce 2009, situace se ale i přes přijatá opatření k lepšímu nezměnila. Modernizaci koridorů schválila vláda v letech 2001 a 2002 s tím, že budou dokončeny do roku 2010. Podle současného odhadu se je ale nepodaří dokončit dříve než v roce 2021. Modernizace tak potrvá přes 18 let. Navíc stále není dořešena stavba některých úseků.

Už v roce 2004 poukázal NKÚ na to, že model financování modernizace zpracovaný Ministerstvem dopravy je nereálný. Kvůli nedostatku peněz ministerstvo nejdřív prodloužilo termín dokončení o 6 let na rok 2016. Zpoždění ale pokračovalo. Do června 2015 se podařilo zmodernizovat z III. koridoru dlouhého 329,4 kilometru 71 % trasy. Příprava a samotná stavba dosud stály 41,6 miliardy korun. Ze IV. koridoru, který měří 179,9 kilometru, je zatím dokončeno 59 % trati. Příprava a stavba už stály 23,1 miliardy korun.

V roce 2015 se podařilo Ministerstvu dopravy náklady oproti roku 2005 snížit o 23,2 miliardy korun. Jejich poklesu ale ministerstvo dosáhlo jen díky tomu, že z plánovaných nákladů vyškrtlo náklady na modernizaci dvou finančně náročných úseků. Největší část nákladů na modernizaci financuje EU z operačního programu Doprava, celkem chce ministerstvo z evropských fondů zaplatit téměř 55,5 miliardy korun.

U kontrolovaných projektů se stavební náklady na jeden kilometr pohybovaly od 117 do 352 milionů korun. Od cenového normativu, který by měl sloužit k ocenění nákladů při přípravě stavby, se tak liší až o 156 %. Správa železniční dopravní cesty (SŽDC) ale tento normativ, stejně jako další nástroje pro kontrolu, zda je předpokládaná cena oprávněná, nepoužívala. Ministerstvo dopravy zavedlo závazné používání normativu a dalších kontrolních nástrojů až v únoru 2015. Přitom díky kontrole oprávněnosti nákladů a hledání jiných technických řešení se SŽDC v minulosti podařilo náklady výrazně snížit. Například u modernizace trati Tábor–Sudoměřice díky jinému technickému řešení snížila SŽDC v roce 2010 předpokládané náklady o 1,1 miliardy korun.

Největší průtahy provázejí přípravu projektů. Od zpracování první projektové dokumentace do získání stavebního povolení uplynulo průměrně 6 let, u 12 z 37 staveb ještě více. U některých projektů to bylo i víc než 10 let. Přípravu staveb prodlužovaly především nevyřešené výkupy pozemků a problémy při získání územních rozhodnutí nebo stavebních povolení. Tuto dobu prodlužovaly také změny v koncepci a v technickém řešení některých staveb ze strany SŽDC.