Tyto dotace jsou určeny zejména pro malé a střední podniky, ale také velké firmy, výzkumné instituce a další subjekty. Kromě úspěšnosti čerpání dotací kontroloři prověřili, jakým způsobem Ministerstvo průmyslu a obchodu (MPO) nastavilo pravidla pro rozdělování peněz nebo hodnotilo dopady rozdělené podpory. U Agentury pro podnikání a inovace se zaměřili například na to, jak agentura hodnotila projekty k podpoře či kontrolovala výběrová řízení. Na vzorku 12 příjemců, kteří získali téměř 220 milionů korun, pak kontroloři zjišťovali, jak příjemci dotace využívali a jestli dodržovali pravidla spojená se získáním podpory. Na investice z OP PIK do výzkumu, vývoje a inovací je pro Českou republiku v programovém období 2014 až 2020 připraveno 34,8 miliardy korun.

Na rozvoj výzkumu a vývoje pro inovace z OP PIK byly na podzim roku 2018 proplaceny projekty za přibližně 3,5 miliardy korun. To představuje zhruba 10 procent z připravených dotací. Z pohledu projektů schválených k podpoře byla situace příznivější – ve stejné době MPO schválilo projekty za zhruba polovinu z připravených peněz, přibližně za 16,7 miliardy korun.

Kontroloři dále zjistili, že v jedné z oblastí podpory OP PIK čerpání fakticky vůbec nezačalo. Jde o územní integrované investice, kde dotace podnikům zprostředkovávají městské aglomerace. Do podzimu 2018 městské aglomerace podaly pouze 15 žádostí o podporu za necelých 450 milionů korun a žádný projekt v té době nebyl schválen k podpoře. Přitom připraveno je více než 2,1 miliardy korun. V době kontroly navíc nemělo MPO pro tuto oblast připravený harmonogram pro vyhlašování dalších výzev na rok 2019.

Jedním z důvodů, které se negativně podepsaly na čerpání evropských peněz, byla velmi dlouhá doba potřebná na schválení žádosti o dotaci – v roce 2016 žadatelé čekali v průměru dlouhých 345 dní na rozhodnutí MPO, zda bude předložený projekt podpořen. Také na rozdíl od předpokladu MPO neměly v letech 2016 až 2018 malé a střední podniky dostatečný zájem o vypsané dotační výzvy.

Kontroloři se zabývali také tím, zda MPO kontrolovalo, jestli příjemci po získání podpory dodržují všechny podmínky. V době udržitelnosti, po kterou příjemce musí projekt udržovat v chodu, MPO neprovedlo žádnou kontrolu na místě. Třetina z více než 550 dokončených projektů přitom měla za sebou minimálně první rok provozu.