Hospodaření kontroloři prověřili na vzorku majetku a peněz v hodnotě 625 milionů korun z celkového majetku ústavu přesahujícího dvě miliardy korun. Dopady transformace – včetně úspory peněz – resort ani po letech neznal, protože sloučení obou institucí nijak nevyhodnotil. V hospodaření ústavu kontroloři nenalezli zásadní nedostatky, odhalili pouze dílčí chyby v účetnictví, evidenci majetku či zveřejňování povinných informací.

Jednou z věcí, kterých chtělo MZe sloučením Ústředního kontrolního a zkušebního ústavu zemědělského se Státní rostlinolékařskou správou dosáhnout, byla úspora veřejných peněz. Resort však nevyhodnotil přínosy sloučení obou institucí, a tak ani po letech neměl informace o tom, zda a kolik peněz se podařilo ušetřit ani na kolik spojení vyšlo. Přitom v roce 2015, kdy se podle MZe měly úspory už plně projevit, očekával resort oproti roku 2012 úspory dosahující téměř 97 milionů korun. Ve skutečnosti výdaje ústavu ve stejném roce naopak vzrostly téměř o 37 milionů korun.

Kromě toho ministerstvo nevyhodnotilo ani další dopady sloučení – například zda se odstranila duplicita činností obou institucí, či se snížila byrokratická zátěž, což byly kromě finanční úspory další cíle, kterých se mělo sloučením obou institucí dosáhnout. V součtu tak celkové reálné dopady transformace MZe fakticky v době kontroly neznalo.

Z pohledu hospodaření ústavu nezjistil NKÚ zásadní nedostatky, které by se týkaly nakládání s penězi a majetkem státu. V některých případech však kontroloři našli dílčí nedostatky ve vedení účetnictví, evidenci majetku, vnitřních předpisech, ale i zveřejňování povinných informací. Ústav tak například v sedmi případech neuveřejnil v registru smluv nebo na profilu zadavatele smlouvu či objednávku, případně je zveřejnil pozdě. Dále v účetní evidenci vedl třetinu z prověřených nemovitostí nesprávně.