MV a SZR nezajistily ani bezodstávkový provoz systému, zajišťující jeho dostupnost 24 hodin denně 7 dní v týdnu. Přitom tato opatření měla být hotova do konce roku 2019. Zmíněné nedostatky odhalili kontroloři NKÚ, když prověřovali nakládání s peněžními prostředky státu určenými na systém základních registrů. Podle kontrolorů byly desítky milionů z celkem 2,46 mld. Kč vydaných v letech 2015–2022 na provoz a transformaci systému základních registrů vynaloženy neúčelně a nehospodárně.

V roce 2018 připravilo MV koncept transformace základních registrů jehož zásadní změnou mělo být, že registry již nebudou sloužit jen sdílení informací uvnitř veřejné správy, ale také občanům, a to nepřetržitě bez ohledu na pracovní dobu úřadů. Koncept proto definoval nutnost zajistit a garantovat dostupnost systému základních registrů v režimu 24×7. Více než čtyři roky po stanoveném termínu není nepřetržitá dostupnost zajištěna.

Stále dochází k odstávkám systému. To může být jednou z příčin stavu, kdy si 2 923 agendových informačních systémů z celkem 5 118 systémů využívajících referenční údaje základních registrů vytváří jejich lokální kopie. Kopírováním referenčních údajů se z nich stávají pouze „informační údaje“, které nemusejí odpovídat skutečnému (aktuálnímu) stavu, a pro výkon agend veřejné správy tak postrádají validitu referenčních údajů.

Nezajištění bezodstávkového provozu ze strany MV a SZR vedlo mj. k tomu, že Český úřad zeměměřický a katastrální (ČÚZK) a Český statistický úřad (ČSÚ) vynaložily desítky milionů v souvislosti se zavedením bezodstávkového provozu neúčelně.

NKÚ dále zjistil, že od doby zahájení provozu systému základních registrů mezi lety 2008 až 2012 jsou všechny registry, s výjimkou registru u ČÚZK, provozovány a rozvíjeny stejnými dodavateli na základě opakovaně uzavíraných smluv. Správci registrů se tak dostali do závislosti na konkrétním dodavateli (tzv. vendor lock-in). NKÚ tento dlouhodobě přetrvávající stav posoudil jako riziko pro hospodárnost vynakládání peněžních prostředků.

To, že MV v rámci obnovy infrastruktury základních registrů hradilo dodavatelům paušální částky za poskytování služeb rozšířené záruční podpory již od data převzetí komponent, vyhodnotil NKÚ jako skutečnost nasvědčující porušení rozpočtové kázně. Podle kontrolorů tímto postupem došlo k nehospodárnému vynaložení peněžních prostředků v hodnotě cca 4,4 mil. Kč z celkové částky 9,1 mil. Kč uhrazené dodavatelům.

NKÚ kontrolou ověřil, že systém základních registrů i přes uvedené nedostatky plnil roli základního datového zdroje veřejné správy. V letech 2015–2023 zprostředkoval cca 8 miliard transakcí a byl využit např. jako hlavní zdroj údajů pro potřeby sčítání lidu, domů a bytů provedeného Českým statistickým úřadem (ČSÚ) v roce 2021. Na zajištění sčítání lidu vynaložil ČSÚ celkem 1,815 mld. Kč. V této částce je započtena i smluvní odměna ve výši cca 1 mld. Kč pro Českou poštu; u této odměny nebylo do ukončení kontroly NKÚ v prosinci 2023 provedeno závěrečné vyúčtování.

Systém základních registrů se skládá mj. z registru osob, registru obyvatel, registru územní identifikace adres a nemovitostí, registru práv a povinností a Informačního systému základních registrů, který zajišťuje vazby mezi jednotlivými základními registry navzájem a další služby. Systém základních registrů je klíčovým prvkem v elektronizaci veřejné správy a je zdrojem referenčních údajů o občanech, právnických osobách, nemovitostech atd. Poptávka občanů i soukromoprávních subjektů po nepřetržitých digitálních službách veřejné správy významně roste. Současně dochází vlivem digitalizace ke změnám, které kladou zvýšené nároky na využívání dat ze systému základních registrů. Ty tvoří páteř propojeného datového fondu veřejné správy, jehož základní funkcí je realizace zásad „data pouze jednou (once-only)“ a „obíhají data, nikoli lidé“ v běžné praxi veřejné správy ČR.

Poznámka:
* Správa základních registrů byla zrušena k 1. 1. 2024.