NKÚ se při své kontrole zaměřil na tři oblasti – smlouvy na technické střežení muničních skladů, závodní stravování a úklid a chod ubytoven.

Smlouvy na technické střežení muničních skladů byly v roce 2014 předmětem auditu zadaného novým vedením resortu, který posuzoval všechny obchodní smlouvy v objemu nad 100 milionů Kč. Současná smlouva na střežení muničních skladů už vychází z výběrového řízení, ve kterém nejvýhodnější nabídku podala společnost Trade Fides. Oproti předpokladu byla cena pětileté zakázky dokonce o 78,5 milionů Kč nižší.

NKÚ kontroloval také smlouvy na zajištění stravy a uvádí, že Ministerstvo obrany nevýhodně nastavilo ceny za odebrané porce. Při poklesu strávníků se cena za jednu porci výrazně zvyšuje. Tato skutečnost je dána pevnými režijními náklady na straně poskytovatelů služby. Snížení počtu strávníků se tak projeví na nárůstu ceny za jednu porci.

Podle NKÚ v některých případech při poklesu odebraných stravních dávek vzrostla cena za porci až sedminásobně, čímž se zvýšila z původních 39,- Kč za porci na 266,- Kč. Nejednalo se ovšem o „některé případy“, ale o případ jediný. Ten byl způsoben požárem kuchyňského bloku v posádce Stará Boleslav v srpnu 2014. Tím došlo k přerušení provozu kantýny. Pro vojáky ve stálých směnách bylo ale nutné zajistit bezplatné stravování. Počet stravních dávek kvůli tomu klesl z původních 500 na 50, a to se promítlo do ceny za jednu porci. Po obnovení chodu kuchyně zhruba po třech měsících se jejich počet vrátil do původních hodnot, stejně tak i cena.

V případě zajištění stravování příspěvkovou organizací VLRZ je porovnání ekonomické výhodnosti zajištění služby obtížně proveditelné. Např. v posádce Praha jde k tíži VLRZ také úhrada nákladů na energie a na stravovací prostory. Cateringové firmy tyto náklady nehradí, protože službu poskytují v prostorách objednatele.

Kontrola se týkala také příspěvkové organizace Armádní servisní (AS-PO) za období od roku 2009 do února 2015. Zpráva NKÚ zmiňuje pět veřejných zakázek z let 2009 a 2010 a jednu veřejnou zakázku z roku 2013. Zakázky z let 2009 a 2010 šetří Policie ČR, Ministerstvo obrany i AS-PO přitom poskytují plnou součinnost. AS-PO v tomto případu nárokuje úhradu škody ve výši 135 mil. Kč vůči obviněným, např. bývalému řediteli AS-PO a dalším vedoucím pracovníkům (celkem 18 osob).

Veřejná zakázka z roku 2013 se vztahuje na zajištění úklidu a pokojské recepční služby v zařízení v Moravské Třebové. NKÚ AS-PO vyčítá, že k poskytovaným službám neuzavřela písemnou smlouvu. K pochybení došlo z důvodu rekonstrukce objektu. Po tuto dobu byly služby poskytovány v náhradních prostorech, tato skutečnost ale nebyla správně zohledněna ve smlouvě. Nedostatek AS-PO napravila ještě téhož roku uzavřením písemného dodatku.

AS-PO přijala už v roce 2011 řadu nápravných opatření k tomu, aby k podobným pochybením nedocházelo. Jedná se například o centrální zadávání veřejných zakázek, nastavení řídící kontroly, elektronickou evidenci smluvních vztahů a elektronické schvalování faktur a objednávek tak, aby byla zřejmá odpovědnost za svěřené operace. Sám NKÚ v závěru své zprávy konstatuje, že u AS-PO došlo ke zlepšení zajištění smluvních vztahů.

Počínaje rokem 2011 i Ministerstvo obrany vydává metodické pokyny v rámci své zřizovatelské činnosti vůči této příspěvkové organizaci. Plní tak své kontrolní funkce dané zákonem.