Při modernizaci bude trať z Prahy do Benešova přesunuta do přímější trasy přes plochu bývalého seřazovacího nádraží ve Vršovicích. Do souběhu s ní bude přeložena i trať z Prahy-Malešic, společně tak vytvoří čtyřkolejný úsek. Díky narovnání tratě dojde ke zkrácení kolejí o 232 m a ke zvýšení rychlosti v oblasti Strašnic na 120, ve Vršovicích pak na 85–105 km/h.

„Stávající strašnická zastávka ani stanice ve Vršovicích nenabízejí optimální přestupní vazby na MHD. Trať přitom kříží na dvou místech frekventované autobusové linky, aniž by na ně bylo možné přestoupit. Proto právě v těchto místech vzniknou nová nádraží. Železniční stanice Praha-Zahradní Město vyroste přímo nad rozšířeným podjezdem Průběžné ulice. V něm budou umístěny zastávky tramvaje, v těsném sousedství pak zastávky autobusu,“ uvedl náměstek generálního ředitele SŽDC pro modernizaci dráhy Mojmír Nejezchleb. V opěře podjezdu naleznou cestující čekárnu a odbavovací prostory. Z podchodu na nástupiště se dostanou nejen po chodnících a schodištích, ale i výtahy a eskalátory.

Na křížení s autobusovou tangentou Jižní Město – Vinohrady v blízkosti fotbalového stadionu Slavie pak vznikne zastávka Praha-Eden. Zrušením trati přes Strašnice naopak zanikne tamní železniční zastávka. Stanice Praha-Vršovice bude cestujícím sloužit i nadále, ale pro zlepšení docházky do zástavby bude prodloužen podchod směrem k Bartoškově ulici a tím i k náměstí Bratří Synků, na opačném konci pak do přednádražního prostoru. Samozřejmostí budou bezbariérové úpravy celé stanice a částečné zastřešení nástupišť.

Projekt Optimalizace traťového úseku Praha Hostivař – Praha hl. n., II. část – Praha Hostivař – Praha hl. n. je spolufinancovaný EU z programu Nástroj pro propojení Evropy (CEF). Celková předpokládaná výše nákladů na stavbu je 4 419 960 495 Kč. Míra podpory EU je 82,14 % ze způsobilých nákladů, čili výše dotace činí maximálně 110 309 931 EUR, tedy zhruba3 miliardy Kč.