Bezprecedentní čistka vyvolala vlnu překvapivých reakcí. Jak se ukázalo, spekulace o tom, že za bleskovým odvoláním vlastně celého velení jsou nedostatky v řízení baltského námořnictva, byly blízko pravdy. Celá kauza je zarámována skutečností, že prezident Putin v listopadu 2015 při návštěvě Kaliningradské oblasti úroveň Baltské flotily veřejně chválil, a realita se ukázala poněkud jiná.

V dubnu 2016 mělo podle informací Fontanka.ru (http://www.fontanka.ru/2016/06/29/192/) se zdroji v ruském armádním sboru dojít k oficiálně nepotvrzené (ruskou stranou) srážce ruské vojenské ponorky s polskou vojenskou lodí (zřejmě výzvědnou). Srážka měla ponorku značně poškodit, což vyvolalo vzpomínky na tragédii ruské ponorky Kursk v létě roku 2000. Incident přilákal pozornost inspektorů generálního štábu ruských ozbrojených sil.

Provedená prověrka podle listu ukázala nejenom na to, že velení lhalo v konkrétním případě, ale také na další problémy mimo otázku bojeschopnosti. Patřil k nim katastrofální stav v otázce stavby a rekonstrukce námořních základen a výstavby vojenských městeček včetně špatného hospodaření s finančními prostředky. Prověrka dále ukázala na krach státního programu pro vojenský nábor, který je součástí programu profesionalizace vojenské služby.

Před časem zveřejněná reportáž v novinách Něvskoe vremja už veřejnost informovala (http://nvspb.ru/stories/boyus-odnajdy-prosnutsya-pod-zavalami-58508) o tom, že stav ubytování pro ruské námořní důstojníky a jejich rodiny v Kaliningradské oblasti je neuspokojivý. 73 rodin důstojníků žilo v budovách, které byly v roce 2011 prohlášeny za havarijní. V ubytování, které jim flotila poskytovala, byla okna beze skel, zdi s plísní, nefungující teplá voda atp. Podle deníku se nejedná o zcela výjimečnou situaci. V Omsku se v roce 2015 na hlavy vojáků sesypala (https://www.gazeta.ru/social/2015/07/13/7635101.shtml#) budova kasáren, a to zřejmě z důvodů nekvalitně provedené generální rekonstrukce. Zemřelo tehdy 23 lidí. Podobná, i když ne tragická situace, nastala také v Kaliningradě, kde ale dům žádnou rekonstrukcí neprošel. Velení flotily na situaci reagovalo až po zveřejnění a neprovedlo nařízenou prověrku budov, kterou ruské velení nařídilo právě v reakci na omskou havárii.

Velení flotily dostalo od státu finanční příspěvky na stavbu nových bytů, ale prostředky nebyly k tomuto cíli využity. Jak později doplnil (http://www.fontanka.ru/2016/07/05/164/) předseda bezpečnostního výboru Státní dumy admirál Vladimir Komojedov, mezi důvody pro odvolání celkem 36 důstojníků byly také případy podvodů v souvislosti se zabezpečením vojenského stravování. Tyto případy jsou vyšetřovány v rámci trestního řízení.

Veliteli flotily viceadmirálu Kravčukovi nepomohla ani další informace o jeho okolí. Měl se totiž přátelit s Viktorem Bogdanem neboli jantarovým baronem s přezdívkou Balet. Jeho skupina se věnovala nejenom ne moc legálnímu obchodovaní s jantarem, ale byla podle všeho spojena i s dalšími aktivitami, které byly „přímo spojené s Baltskou flotilou“. Například před pár lety došlo k zadržení cisterny s 22 tunami dieselového paliva, které patřilo Baltské flotile. V kokpitu auta seděli Alexandr Fomin a bratranec Viktora Bogdana Igor, oba členové jantarové skupiny. Na Viktora Bogdana byl nedávno vydán mezinárodní zatykač.

Ministr obrany Sergej Šojgu jmenoval 1. července 2016 do funkce velitele Baltské flotily viceadmirála Alexandra Nosatova a náčelníkem štábu viceadmirála Igora Muchametšina.